Первое правительство ЮАС возглавил представитель Трансвааля генерал Луис Бота. Заместителем премьер-министра стал генерал Ян Смэтс (он также одновременно возглавил министерства обороны, внутренних дел и горное министерство). В первый кабинет вошли, разумеется, и представители английского населения Южной Африки. Британским генерал-губернатором Южной Африки был назначен Герберт Джон Гладстон.
Свою главную задачу Бота видел в примирении обеих белых общин и в установлении тесного сотрудничества с Великобританией. Вскоре среди африканеров возникли разногласия по поводу отношения к подобной политике. Резко выступал против "ренегатов" и их примиренческого курса Герцог, и большинство буров соглашались с ним (так, 28 декабря 1912 года в Претории прошел многотысячный митинг в поддержку этого популярного лидера). На стороне непримиримого министра выступала и такая влиятельная организация, как Южноафриканская академия языка, литературы и культуры, а также большинство священнослужителей. В итоге Герцог под давлением Боты был вынужден подать в отставку. Тогда же на состоявшемся конгрессе Национальной южноафриканской партии триумвират, в который вошли Герцог, Штейн (бывший президент Оранжевой республики) и де Вет, потребовал исключить из организации Боту и Смэтса. Однако в результате голосования партию покинули они сами и подавляющее большинство их сторонников (в основном из Оранжевой провинции).
В 1913 году Герцог создал собственную Национальную партию, и провозгласил свою программу. Жизнь африканеров, по мысли Герцога, должна развиваться на основании христианского национализма, что означало господство белого населения над цветными и черными в духе "христианской опеки", и строжайшее запрещение всяких попыток расового смешения. Кроме этого, Герцог выступал за официальное признание языка африкаанс и за введение в ЮАС собственного национального флага.
Еще более серьезные разногласия возникли в южноафриканском правительстве и обществе, когда разразилась Первая мировая война. В 1914 году Бота заявил о намерении вступить в боевые действия на стороне Великобритании, а затем без согласования с правительством объявил Германии войну. Бурское население охватили широкие антивоенные настроения, всюду проходили митинги протеста. Под руководством Национальной партии африканеры подняли восстание, которое достигло наибольшего размаха в Оранжевом свободном государстве. К восстанию присоединилась большая группа бывших бурских генералов, 7 тысяч буров из Оранжевой провинции и 3 тысячи из Трансвааля.
