В апреле 1961 года была проведена катастрофическая по своим последствиям высадка десанта в бухте Кочинос, ознаменовавшая собой попытку военного вторжения на Кубу. Примерно 1400 кубинских эмигрантов, завербованных и прошедших подготовку в ЦРУ, попытались проникнуть на родину и организовать восстание против режима Кастро, но были наголову разгромлены. В результате этого провала, вызванного, в первую очередь, вопиющими просчетами в организации операции, Даллес был вынужден уйти в отставку.
После этого ЦРУ разработало план «Монгуз», предусматривающий физическое устранение непокорного кубинского лидера. План был утвержден президентом Кеннеди, но несмотря на бесчисленные покушения (поговаривали даже о занесении его в этой связи в Книгу рекордов Гиннеса) Фидель Кастро остался жив и невредим, и до сих пор правит Кубой.
Активное участие принимало ЦРУ и в войне во Вьетнаме. В ходе организованной им операции «Феникс» в 1967–1971 гг. были уничтожены десятки тысяч жителей Южного Вьетнама, подозревавшихся в симпатиях к коммунистам. Действовало ЦРУ и на территории Лаоса.
Начало 70-х годов ознаменовалось для ЦРУ новой серией скандалов. Но если предыдущие скандалы были связаны с провалами ЦРУ на международной арене, то эти уже касались деятельности ЦРУ внутри страны. Первым из них стал в 1972 году знаменитый «Уотергейт» – попытка тайно установить подслушивающие устройства в штаб-квартире Демократической партии США. 22 декабря 1974 года репортер «Нью-Йорк Таймс» Сеймур Херш опубликовал список злоупотреблений властью, допущенных ЦРУ, включая длившуюся на протяжении 20 лет операцию по незаконной перлюстрации корреспонденции рядовых американских граждан и организаций. Директор ЦРУ Уильям И. Колби признал, что эта операция имела место, но настаивал на том, что ЦРУ ее свернуло.
Начавшийся процесс разоблачений было весьма сложно остановить. В прессу просочилась информация об экспериментах ученых из ЦРУ по контролю над человеческим сознанием (по крайней мере, один из них закончился смертью подопытного). Появились известия об организациях, контролируемых и служащих прикрытием для операций ЦРУ: например, Национальная студенческая ассоциация США, журналы «Дер Монат» в Германии и «Инкаунтер» в Великобритании.
В результате президент Форд учредил так называемую Рокфеллеровскую комиссию и поручил ей провести расследование деятельности ЦРУ на территории Соединенных Штатов.
Одновременно аналогичные комиссии были созданы и «законодательной ветвью» американской власти: в Палате представителей Конгресса – комиссия по разведке, призванная рассмотреть жалобы на «незаконные или недостойные» действия в отношении американцев со стороны федеральных спецслужб, получившая название «Комиссия Пайка», а в Сенате – комиссия по государственной политике в области разведки, получившая название «Комиссия Черча».
