Объяснения до сих пор не получил не только тот факт, что «города» майя были оставлены своими жителями, но и то, что в это время центральная область практически полностью обезлюдела. В качестве возможных причин этой катастрофы называют крах местной системы земледелия, эпидемии страшных болезней, например желтой лихорадки, вторжение завоевателей из Мексики, социальные катаклизмы, насильственное уведение людей в плен тольтекскими правителями Юкатана и даже землетрясения и резкий дисбаланс численности представителей противоположных полов. Некоторые ученые выдвигают теории, построенные на совокупном воздействии нескольких из этих факторов, но до сих пор ни одна из гипотез не получила сколь-нибудь точного подтверждения. Гипотезу о том, что подсечно-огневое земледелие майя не могло больше обеспечить население достаточным количеством пищи, пытались подкрепить существованием саванн, которые якобы возникли в результате того, что древние земледельцы-майя истощили плодородие почв. Но мы уже упоминали о том, что эти покрытые травой площади существовали в области майя задолго до того, как там появились люди.
Во время исследований в области майя были получены данные о том, что к середине IX в. поселения майя подверглись нашествию воинственных народов из Центральной Мексики. Особенно много материалов, склоняющих чашу весов в пользу такого предположения, было найдено в западной части региона. Например, в Сейбале была найдена целая серия стел, воздвигнутая в самом начале Бак-туна с коэффициентом 10. Эти стелы украшены изображением фигур, которые, судя по деталям костюма, являются тольтеками. Здесь же присутствуют и изображения масок тольтекского божества Тлалока. Возможно, что равнинные области майя были уже настолько серьезно ослаблены какими-то катаклизмами, что не могли оказать сколько-нибудь существенного сопротивления захватчикам, вторгнувшимся в центральную область. Но пока не будут прочитаны тексты, относящиеся к последнему периоду существования цивилизации майя, мы, скорее всего, не сможем узнать, что же в действительности произошло в это время.
Что бы ни произошло в центральной области, мы знаем, что только очень немногие из майя продолжали после этого жить на своей исконной территории. Среди разрушенных «городов» бродили лишь разрозненные группы людей, чей образ жизни уже нисколько не напоминал образ жизни цивилизованных людей. Подобно древним дикарям или современным археологам, эти люди становились на ночь лагерем в комнатах опустевших дворцов. Подобно современным индейцам локандонам, эти люди возжигали курения перед древними резными изображениями давно умерших правителей, которые теперь стали для них богами.
