В отличие от гористых областей на юге на равнинах ощущается нехватка воды. Большинство рек в сухой сезон пересыхает. Исключением являются области, расположенные в западной и юго-восточной части, где находятся большие низменные участки пойменных земель. Крупная река Усумасинта с притоками является самой важной речной системой, которая питает северные области горной Гватемалы и округ Лакандон мексиканского штата Чьяпас. Эта река течет на северо-запад, мимо многих обратившихся в руины «городов» майя, неся свои мутно-желтые из-за огромного количества ила воды в Мексиканский залив.
Из рек, впадающих в Карибское море, наиболее значительными являются река Мотагуа, путь которой к морю лежит через покрытые соснами и дубами холмы, пустыни и тропические леса, река Белиз, протекающая через территорию Британского Гондураса (современный Белиз), и река Рио-Ондо, которая отделяет эту бывшую британскую колонию от Мексики.
В равнинной области озера встречаются редко, особенно на полуострове Юкатан. В расположенном на севере Гватемалы департаменте Петен широкие, заболоченные низины, называемые «байос», летом полны воды, но в зимний, лишенный дождей сезон часто полностью пересыхают. Меньшие по размерам впадины, наполнение которых водой зависит от смены сезонов, называемые «агуадас», встречаются на Юкатане, но главными источниками как питьевой, так и использующейся для бытовых целей воды для местного населения являются «сеноты». Они представляют собой карстовые колодцы, обычно круглой формы, образовавшиеся при разрушении подземных пещер, и всегда наполнены просачивающейся сквозь известняк водой.
Климат равнинной области жаркий. В мае начинаются дожди, которые продолжаются до конца октября, но для тропиков среднегодовое количество осадков невелико, например, на большей части территории Петена составляет от 70 до 90 дюймов, а на севере оно еще меньше, бывают сильные засухи. Очень влажный климат в районах гораздо южнее Петена и Британского Гондураса – в округе Лакандон мексиканского штата Чьяпас и на равнинах штата Табаско, поэтому майя там не селились.
Густые заросли тропических лесов покрывают южную часть равнинной зоны, в них преобладают махагоновые деревья, древесину которых называют красным деревом. В высоту они достигают 50 метров. В изобилии растут здесь и сапподилосы, которые давали коренным жителям древесину, а сейчас служат сырьем для изготовления жевательной резинки, кампешевое и хлебное деревья. Средние и нижние ярусы занимают фруктовые деревья, некоторые из которых, например авокадо, играли важную роль в жизни майя. В сухой сезон многие виды растений сбрасывают листья; но там, где уровень выпадающих осадков более высок, растут самые настоящие тропические ливневые леса.
