Прага ещё не была потеряна безвозвратно, когда Фридрих отказался от неё в своём малодушии. Летучий отряд Мансфельда ещё стоял в Пильзене и не участвовал в сражении. Бетлен Габор мог каждую минуту открыть военные действия и отвлечь войска императора к венгерской границе. Разбитые чехи могли оправиться; болезни, голод и суровая погода могли ослабить неприятеля, — но все эти надежды исчезли под влиянием непреодолимого страха. Фридрих боялся непостоянства чехов, которые легко могли поддаться соблазну — выдачей его особы купить у императора прощение.
Турн и другие, которым грозила такая же суровая кара, как и самому Фридриху, сочли столь же неблагоразумным ожидать в стенах Праги решения своей участи. Они отступили в Моравию, после чего искали спасения в Семиградье. Фридрих бежал в Бреславль, где он, однако, оставался лишь недолгое время; позднее он нашёл пристанище при дворе курфюрста Бранденбургского и, наконец, в Голландии.
Сражение под Прагой решило судьбу Чехии. Прага сдалась победителю на другой день; остальные города последовали примеру столицы; чешские чины принесли безоговорочную присягу; то же самое сделали силезцы и моравцы. Следствие обо всём совершившемся было наряжено императором лишь через три месяца. Многие из тех, кто сначала, охваченные ужасом, бежали, теперь, поверив этому мнимому снисхождению снова показались в столице. Но в один и тот же день и час повсюду разразилась буря. Сорок восемь наивиднейших участников мятежа были арестованы и привлечены к суду чрезвычайной комиссии, составленной из коренных чехов и австрийцев. Двадцать семь из них погибли на плахе; людей из простонародья было казнено несметное множество; отсутствующим был сделан вызов явиться, и так как никто не последовал этому вызову, то все они были заочно приговорены к смертной казни как изменники и оскорбители его католического величества; имущество их было конфисковано, имена их прибиты к виселице. Имущество умерших мятежников также подверглось конфискации. Эта тирания была ещё терпима, ибо она касалась лишь отдельных частных лиц, и ограбление одного обогащало другого; тем тягостнее зато был гнёт, обрушившийся вслед за тем на всё королевство. Все протестантские проповедники были изгнаны из страны: чешские — немедленно, немецкие — несколько позже. Грамоту величества Фердинанд изрезал своей собственной рукой и сжёг печать. Через семь лет после пражского сражения всякая религиозная терпимость по отношению к протестантам в Чехии была отменена. Позволяя себе эти насилия над вероисповедными привилегиями чехов, император, однако, не решился коснуться их политической конституции, и, отнимая у них свободу совести, он великодушно оставил за ними право облагать самих себя налогами.
