Так как город Страсбург встал с оружием в руках на защиту протестантского капитула и принца Бранденбургского, а противная партия при помощи лотарингских войск старалась завладеть епископскими землями, то возникла продолжительная война, сопровождавшаяся, по обычаю тех времён, варварским опустошением. Напрасно старался император решить спор своим высоким авторитетом: епископские владения ещё долгое время оставались разделёнными между обеими партиями, покуда, наконец, протестантский принц за умеренное денежное вознаграждение не отказался от своих притязаний, и таким образом католическая церковь одержала ещё одну победу.
Ещё более серьёзным для всей протестантской Германии было событие, происшедшее в швабском имперском городе Донауверте, после того как был улажен спор, о котором сейчас шла речь. В этом католическом городе в правление Фердинанда и его сына протестантская религиозная партия получила законным путём такой перевес, что католические обыватели города должны были довольствоваться часовней в монастыре святого Креста и по причине раздражения, царившего среди протестантов, отказаться от многих своих богослужебных обрядов. Наконец, фанатический настоятель этого монастыря, осмелясь пренебречь гласом народа, вздумал устроить крёстный ход с поднятием креста и с развевающимися хоругвями. Однако его быстро заставили вернуть процессию в монастырь. Когда тот же самый настоятель, ободрённый благоприятным императорским указом, через год повторил крёстный ход, протестанты перешли к прямому насилию. Фанатически настроенная толпа заперла ворота перед возвращавшимися в город монахами, изорвала их хоругви и проводила их домой криками и бранью. Следствием погрома был вызов в императорский суд, и когда возбуждённые жители решились поднять руку на императорских комиссаров, когда все попытки мирно уладить распрю наткнулись на сопротивление разъярённого народа, город, наконец, был объявлен в имперской опале; исполнение приговора было возложено на герцога Максимилиана Баварского. Малодушие охватило столь задорных ранее граждан при приближении баварского войска: они сдались без сопротивления. Возмездием за их вину была полная отмена протестантского вероисповедания в Донауверте. Город потерял свои привилегии и из швабского имперского вольного города обратился в город, подчинённый Баварии.
Два обстоятельства, сопровождавшие это событие, должны были обратить на себя внимание протестантов даже в том случае, если бы интересы религии не имели для них такого значения.
