Таково было положение в Чехии, когда Матвей, уже властелин Венгрии, Австрии и Моравии, появился у Колина, чтобы возмутить и чешских чинов против императора. Положение последнего стало до крайности критическим. Покинутый прочими своими наследственными провинциями, он возлагал последнюю надежду на чехов, которые, как можно было с уверенностью предвидеть, не преминули бы воспользоваться его трудным положением для удовлетворения своих давних требований. После многолетнего промежутка он вновь появился на сейме в Праге; для того чтобы показать народу, что он действительно ещё жив, пришлось настежь открыть ставни всех окон дворцовой галереи, по которой он шествовал: лучшее свидетельство того, как обстояли его дела. Случилось то, чего он опасался: чешские чины, почувствовав свою силу, ни на что не соглашались, пока им полностью не обеспечат их сословные привилегии и религиозную свободу. Напрасны были попытки увернуться путём старых уловок; судьба императора была в руках чинов, и он вынужден был подчиниться необходимости. Но они добились его согласия только на все прочие свои требования; религиозные дела он отложил до ближайшего сейма.
Теперь чехи взялись за оружие для защиты императора, и кровавая усобица должна была вспыхнуть между двумя братьями. Однако Рудольф, который ничего так не боялся, как этой рабской зависимости от своих чинов, поспешил, не дожидаясь войны, покончить миром с эрцгерцогом, своим братом. По акту формального отречения он отдал ему всё, чего всё равно не мог получить обратно, — Австрию и королевство Венгерское, — и признал его своим наследником на чешском престоле.
Выйдя столь дорогой ценой из величайших затруднений, император тотчас же запутался снова. Религиозные дела чехов были отложены до ближайшего сейма; этот сейм был созван в 1609 году. Они потребовали той же свободы совести, что и при прежнем императоре, собственной консистории, передачи протестантам Пражской академии и разрешения выбирать из своей среды дефензоров, или защитников свободы. Ответ оставался всё тот же, ибо католическая сторона сковывала решимость робкого императора. Сколько ни возобновляли чины свои требования, сопровождая их угрозами, Рудольф упорно держался своего прежнего решения — не давать ничего сверх установленного старыми договорами. Сейм разошёлся, не добившись ничего, и чины, возмущённые императором, решили самовольно устроить съезд в Праге, чтобы помочь себе собственными силами.
