Сообщая о подготовке завоевания Верхнего Египта, Наполеон выделяет инициативу академиков: «Ряд ученых и художников пожелали следовать за Дезе. Исполнение их просьб было сопряжено с двойным неудобством: пришлось бы подвергнуть опасностям войны ценных людей и замедлить ход военных действий. Один только Денон получил разрешение последовать в качестве добровольца за главной квартирой дивизии».
«Впервые со времени крушения Римской империи представители цивилизованной нации, заботящиеся о развитии науки и искусств, намерены посетить, измерить и произвести раскопки в величественных развалинах, которые столько веков занимают ученый мир».
К сентябрю оправившийся от шока Мурад-бей располагал значительной сухопутной армией и речной флотилией. Он получал английские субсидии. Ему помогали примирившийся с ним старец Хасан-бей и Эльфи-бей.
Фивы, Коптос, Филэ - сердце молодого генерала трепетало при упоминании названий древних городов. Ему понадобятся долгих пять месяцев (с сентября 1798 года по январь 1799-го), чтобы покорить Верхний Египет. Еще пять месяцев уйдут на подавление восстаний.
С ним генералы Фриан, Бельяр, заместитель командира флотилии Донзело, артиллерийский полковник Ла-Турнери.
Дезе разгромил коварного врага у Седимана, налаживал управление и посылал в Каир суда с рожью, овощами и фуражом, получая взамен боеприпасы и обмундирование.
У него было много больных воспалением глаз, он направлял их в госпиталя. Однажды напали всадники, но храбрый генерал Робэн мобилизовал больных и дал отпор потерявшим бдительность и предавшимся грабежу противникам.
Получив подкрепление под началом Даву, Дезе пошел в прекрасную землю, покрытую апельсиновыми деревьями.
Асьют, Гиза, Минья, Мелауи-аль-Ариш, развалины Гермополиса. Даву усмиряет повстанцев, а Денон рисует развалины.
Мурад-бей бежит, но вскоре получает подкрепление: 2 000 шерифов из Аравии. Он воспрянул духом - теперь у него есть и пехота, и кавалерия! Каждый из шерифов вооружен карабином, парой пистолетов и копьем. Все они считают себя потомками племени пророка и носят зеленые тюрбаны. Этих свирепых воинов обуревала жажда крови и грабежа. Еще две тысячи головорезов собрались в Ямбо, где ожидали судов для переправы через Красное море.
Имея 13-14 тысяч бойцов против пяти тысяч у Дезе, Мурад-бей дал решающее сражение на высоте Самхуда.
Это случилось 22 января 1799 года. Блистательный Дезе построил свой отряд в три каре (два пехотных и одно кавалерийское, поставленное в центре). Пехота и кавалерия мусульман построилась асимметрично.
