Розетти вез этот обнадеживающий ответ Бонапарту. Однако негоциант надолго задержался в Бени-Суэйфе и перед отъездом из города получил от Мурад-бея новое письмо: «Будучи уведомлен командующим английской крейсерской эскадрой о гибели французского флота в Абукире, он не может принять на себя никаких обязательств; что если бы он подписал таковые, то стал бы их придерживаться; но, оставаясь еще свободным, он решил сам попытать счастья».
Следом Джеззар-паша, наместник султана в Сирии, прислал в Каир документ, содержавший объявление султаном войны Франции. Бонапарт направился на обед к шейху Сада, адресату документа, и, оставшись наедине с ним, потребовал выдачи оригинала послания. Сада сначала отрицал, что знаком с документом, но, запутавшись в противоречиях, отдал бумагу.
Город наполнился слухами. Говорили о высадке «бесчисленной» армии, составленной из османов и сирийских солдат Джеззар-паши. Союзники Бонапарта к нему охладели, многие сделались врагами оккупантов.
Диван стал сомневаться в исходе войны - ведь теперь Франция в одиночку боролась против сил Порты, Англии и России. Разбитый у Пирамид Мурад-бей накапливал силы в Верхнем Египте, а Ибрагим-бей и Джеззар-паша - в Сирии.
Появились партизаны. Жители угоняли и прятали скот, убивали французских курьеров и фуражиров, нападали на небольшие отряды. В Розетте, Александрии, Даманхуре и других местах вспыхнули мятежи. Бонапарт ответил казнями, арестами заложников, обысками, контрибуциями. «Каждый день я приказываю отрубить пять-шесть голов на улицах Каира. До настоящего времени мы должны были щадить их, чтобы уничтожить страх, который нам предшествовал. В настоящее время, напротив, нужно взять тон, который необходим, чтобы этот народ повиновался. А повиноваться для них - значит бояться», - писал он 31 июля.
Арабы решились на мятеж, несмотря на внушительные демонстрации военной силы на праздниках, организованных новой властью. Первая кровь возбудила массы, и шейхи - даже те, кто считал затею безумной, - встали под общие знамена или, по крайней мере, одобрили действия повстанцев. Шейх Сада стал председателем дивана мятежников, куда вошла сотня имамов и людей низших сословий.
Пришлось применить штыки и орудия. Восстание было жестоко подавлено и унесло жизни нескольких членов Комиссии по наукам и искусствам (они были убиты в самом начале мятежа), двадцати офицеров штаба и инженерных войск. Погибли комендант Дюпюи, убитый копьем, любимый адъютант Бонапарта - молодой поляк Сулковский. Триста солдат были убиты либо ранены.
