Главнокомандующий приказал готовиться к бою. Утром начался штурм. Сам Бонапарт высадился с отрядом в 3 000 человек между городом и бухтой Святого Павла. Защитники отстреливались, и даже сделали отчаянную вылазку. Но явное неравенство сил заставило их начать переговоры.
Ранним утром следующего дня представители великого магистра явились на борт «Ориона» с полномочиями, необходимыми для заключения соглашения о капитуляции. Во главе их был командор Буаредон де Рансюэ, освобожденный из тюрьмы (после чего, по словам Наполеона, народ носил его на руках, как триумфатора).
Мальта сдалась на милость победителю. Бонапарт поступил с островом так, как он позднее будет обходиться со многими державами, городами и островами.
Вводится гражданский кодекс. Рабство отменяется, все турецкие невольники, среди них были уроженцы Триполи, Алжира, Туниса, Марокко, Дамаска, Сирии, Смирны и Константинополя, освобождаются. Ликвидируются все феодальные права и привилегии. Создается новая администрация (комендант острова - генерал Вобуа, французский гарнизон - 4 000 человек), формируются муниципалитеты, назначаются судьи. Бонапарт реформирует систему образования, учреждает начальные и средние школы и формулирует новые принципы политики просвещения.
Им организуются 15 начальных школ, а мальтийский университет заменяется «центральной школой». В этой школе должны изучать право, арифметику и стереометрию, алгебру, геометрию, астрономию, химию, механику и физику, навигацию.
60 детей богатейших семейств в возрасте от 9 до 14 лет должны быть направлены в Париж для обучения в коллежах.
Сам Орден был упразднен, члены его высланы, сокровища изъяты.
Из мальтийцев, говоривших по-арабски, Бонапарт организовал отряд - с тем, чтобы они стали переводчиками и разведчиками.
Все это он сделал за считанные дни. Что дальше?
«Собираются ли возвысить снова Афины или Спарту? Будет ли трехцветное знамя водружено на серале или же на пирамидах и развалинах древних Фив? Или же из Алеппо направятся в Индию???»
Так, якобы, вопрошали солдаты Восточной армии (разумеется, подлинно римский дух, которым пропитаны эти слова, не оставляет сомнений в их авторстве).
А что мог думать Горацио Нельсон?
Члены экспедиции наслаждались дарами Мальты. Бонапарт гулял в садах гроссмейстера Ордена, «прекрасно содержанных и украшенных великолепными апельсиновыми деревьями». Бурьенн говорит, что «мы с удовольствием лакомились их фруктами, казавшимися нам при чрезвычайной жаре еще более вкусными».
