Смерть В.В. Менжинского 10 мая 1934 года автоматически расчистила путь Г. Г. Ягоде на пост председателя ОГПУ. Теперь у него было больше оснований претендовать на место в высшем руководстве партии. Однако ровно через два месяца, 10 июля, ОГПУ перестало существовать, так как было слито с Народным комиссариатом внутренних дел, во главе которого был поставлен Г.Г. Ягода. С одной стороны, такое слияние, казалось бы, расширило сферу деятельности Г.Г. Ягоды, которому теперь подчинялась и милиция. Но, с другой стороны, теперь Ягода должен был отвечать и за борьбу с уголовной преступностью, что вряд ли соответствовало его амбициозным политическим планам. Кроме того, Ягода перестал возглавлять Объединенное государственное политическое управление при СНКСССР, само название которого предполагало значительную роль в политической жизни страны.
Оказавшись во главе НКВД, Ягода не был избавлен от внимания со стороны ЦК. Есть основания полагать, что новая работа в Москве, которую Сталин предлагал Кирову в середине 1934 года, была связана, в частности, с контролем над деятельностью НКВД через секретариат ЦК ВКП(б) Возможно, что Киров не категорически отказался от этой работы, а лишь попросил Сталина отсрочить свой отъезд из Ленинграда. В этом случае переезд Кирова в Москву на должность секретаря ЦК, курирующего НКВД, был лишь вопросом времени. Поэтому если в начале 1934 года Ягода мог видеть в Кирове потенциального союзника, выдвижения которого он добивался, то в конце того же года он стал пытаться остановить Кирова.
В то же время покушение на жизнь Кирова неизбежно привело бы к нагнетанию напряженности и, как и после покушения на Ленина в 1918 году, могло спровоцировать кампанию правительственного террора. Приписывая Сталину стремление воспользоваться убийством Кирова (и даже организовать это убийство) для того, чтобы развязать террор, антисталинисты не могут убедительно объяснить, зачем это было ему нужно. Известно, что репрессии середины 1930-х годов не расширили полномочий Сталина и не сопровождались усилением культа его личности. Однако было известно, что после покушения эсерки Каплан необыкновенно усилилась власть ВЧК и лично Феликса Дзержинского. Генрих Ягода мог рассчитывать, что после покушения на Кирова возрастет власть НКВД и его лично.
В то же время трудно предположить, что Ягода рискнул бы попустительствовать покушению на Кирова, если бы не был уверен, что получит поддержку влиятельных людей в стране. Этот аргумент используют противники Сталина как доказательство его вины в убийстве Кирова, Однако, как уже говорилось выше, Ягода не вызывал доверия у Сталина, и Сталин не желал убийства Кирова. Зато известно, что взгляды Ягоды совпадали с позицией участников «антимолотовского заговора». Не исключено, что они возненавидели Кирова, который отказался участвовать в их заговоре и сообщил Сталину о нем. Также не исключено, что эти влиятельные люди могли бы оправдать Ягоду в глазах Сталина.
