Отдавая распоряжения о казнях и опалах, Иван III действовал, повинуясь эмоциональному порыву, отнюдь не намереваясь производить радикальные политические и кадровые перемены. Семену Ряполовскому попросту не повезло – он стал жертвой вспышки ярости: его казнили, в то время как главного зачинщика «предательства» и злейшего противника партии Софьи Палеолог – князя Ивана Патрикеева лишь удалили от двора и от мирской жизни. Остался при дворе Федор Курицын, хотя его роль становится менее заметной. Нет известий об опалах прочих еретиков. Новым главой Думы стал князь Василий Холмский, происходивший из тверской ветви Рюриковичей – типичный представитель новомосковского служилого боярства, которого вряд ли можно записать в число ревностных сторонников Софьи Фоминичны.
Так возникло шаткое равновесие между противостоящими группировками, закрепленное в фактическом разделе государства между двумя наследниками. Понятно, что подобное положение не могло продолжаться долго. Бывшая «партия власти» была деморализована, а Деспина, напротив, прочно захватила инициативу. Если она столь эффективно действовала из подполья, то после возвращения ко двору ее возможности, казалось бы, должны многократно возрасти. Однако апрель 1500 года ознаменовался загадочным происшествием. Великий князь Василий.. бежал из Москвы. Краткий летописец 1508 года под 7008 год (сентябрь 1499 – август 1500) сообщает об этом следующее: «Князь Василей, хотя великого княжение, и хотев его истравити на поле на Свинском у Самьсова бору, и сам побежа въ Вязьму своими и советники. А князь великий нача думати со княгинею Софьей и возвратили его, и даша ему великое княжение под собою, а князя Димитрия поимаша и с материею княгинею Еленою»
