Затем А.Н. Куропаткин в третий раз оказался в Туркестане. Командовал Туркестанской стрелковой бригадой в Кульджинском походе. За штурм крепости Геок-Тепе удостоился ордена святого Георгия 3-й степени. Восемь лет был начальником Закаспийского края, основал там несколько городов, проложил немало дорог и способствовал расширению посевов хлопчатника.
В 1898 году по высочайшему указу А.Н. Куропаткин, имевший хороший послужной список, был назначен военным министром Российской империи. Его деятельность на этом высоком государственном посту была сопряжена с попытками реформирования русской армии, которые, как правило, воспринимались в правящих кругах с большой настороженностью и непониманием.
У Алексея Николаевича Куропаткина, как государственного и военного деятеля, было свое видение роли России на Дальном Востоке, в Корее и Маньчжурии в частности. В «Японском дневнике» А.Н. Куропаткина со всем откровением говорится следующее:
«Безобразов все старается об организации эксплуатации богатств Маньчжурии. Но стоит ли это дело ставить для России превыше всего? Наша Россия, Кавказ, Сибирь еще полны огромными естественными богатствами, и все это лежит пока без движения за недостатком знания, энергии и капитала. Мы недостаточно культурны, чтобы воспользоваться богатствами, лежащими у нас под носом, а нас призывают отвоевывать у иностранцев богатства в Маньчжурии.
Кому это нужно? России? Совсем нет. России много дела и у себя дома и много задач предстоит решить, и задач тяжких, кои много важнее «лесного предприятия на р. Ялу». Кому же тогда пойдут на пользу эти предприятия? Небольшой кучке людей, которые будут основывать эти предприятия или на казенные, или на иностранные деньги. Работать будут иностранцы. Некоторые предприятия окажутся дутыми. Разорят много людей. Многие второстепенные и третьестепенные агенты наживут состояния… за все заплатит или русский мужик, или иностранец. Русский капиталист на эти неверные дела не пойдет.
И вот из-за таких сомнительных для России выгод мы должны быть готовы к разрыву не только с Япониею, но с Европою».
Став главой Военного ведомства, генерал А.Н. Куропаткин не мог не видеть обострения для России внешнеполитической ситуации на Дальнем Востоке, на тихоокеанской окраине империи. Когда в Стране восходящего солнца весной 1903 года началась сильная антирусская кампания, император Николай II решил отправить в Японию военного министра с миссией, целью которой было ознакомление с ситуацией на месте и выявление готовности Токио к войне с Россией.
