В 1901 году начались переговоры между союзными державами и пекинским правительством, в которых приняла участие и Россия.
7 сентября был подписан заключительный протокол. На Китай была возложена новая контрибуция, составлявшая в пересчете на русские рубли сумму около 1,5 миллиарда рублей. Свои требование к Пекину о возмещении понесенных в Китае военных расходов выдвинули Россия, Германия, Франция, Великобритания, Япония, США, Италия, Бельгия, Австрия, Голландия, Испания, Швеция и Португалия. Но требования последних пяти стран носили скорее символический характер.
Победители обязали циньские власти казнить захваченных в плен повстанцев-«ихэтуаней», захваченных с оружием в руках, в том числе и высших сановников. Среди приговоренных к смерти оказались член императорской фамилии князь Дуань и губернатор провинции Юй Синь. Князя Чжуан Ин Няня, заместителя министра налогов, и руководителя уголовного ведомства Чжао Шуци приговорили к совершению самоубийства.
В укрепленном Посольском квартале в центре столицы запрещалось селиться китайцам, ответственность за его охрану принимало на себя пекинское правительство. Для сооружения Посольского квартала было снесено 1400 китайских домов. Форты Таку подлежали срытию, и их запрещалось восстанавливать. В течение двух лет в страну запрещался ввоз оружия.
Переговоры сопровождались упорной дипломатической борьбой. России удалось отстоять свои интересы в Маньчжурии. Политика «открытых дверей» там не действовала, как в других областях Китая. «Маньчжурские интересы» Санкт-Петербурга получили официальную поддержку Берлина, а Токио с Лондоном пришлось отступить.
Продолжая переговоры с пекинским правительством, российская дипломатия в обмен на вывод русских войск из Маньчжурии стремилась добиться там для России привилегированного положения. Через «главного начальника» Квантунской области адмирала Е.И. Алексеева правительство России заключило 9 ноября 1900 года «местное соглашение» с цзяньцзюнем (генерал-губернатором) обширной Мукденской провинции Цзеном. Это соглашение ставило цзяньцзюня под русский протекторат.
В правящих российских кругах не было единого мнения о том, как следовало после «ихэтуаньских» событий управлять Маньчжурией. Наконец официальное разъяснение было дано в сентябре 1900 года в телеграмме военного министра Куропаткина, посланной на Дальний Восток царскому наместнику Алексееву и приморскому генерал-губернатору Гродекову. В ней особо подчеркивалось следующее:
