Оборону русской части Харбина, в районе Нового города, речной пристани и затона, возглавили главный инженер правления КВЖД А.И. Югович и офицеры казачьих охранных сотен, среди которых особенно отличились капитан Г.М. Смольянинов, поручики Апостолов и Пявко-Доценко, сотник Казаркин. Всего набралось около 3300 защитников русской части города, вооруженных преимущественно охотничьими ружьями и винтовками, имевших крайне ограниченный запас патронов и ни одной пушки.
Цицикарский цзянцзюнь Шоу Шань прислал в Харбин свое второе письмо, в котором писал, что послал свои войска «уничтожить Харбин» и что он приказал никого не щадить. Уверенной в полной победе, обусловленной огромным перевесом сил, цзянцзюнь высказал в письме пожелание, чтобы чины Охранной стражи русской железной дороги сражались так же храбро, как будут сражаться его доблестные войска.
Всего вокруг Харбина сосредоточилось порядка 8 – 10 тысяч китайских войск с артиллерией. 13 июля в 4 часа утра по затону был сделан первый орудийный выстрел, и вскоре китайские войска густыми цепями пошли в атаку. Затон до последнего защищала рота Охранной стражи под командованием поручика Апостолова.
К 8 часам утра цицикарским войскам, наступавшим со стороны ханшинного (водочного) завода, удалось захватить кирпичный завод. Установив там пушки, китайцы повели многочисленные атаки на Новый город и пристань. Наступавшим удалось захватить железнодорожное депо, и на этом их успехи ограничились. Стражники и вооруженные железнодорожники мужественно отбили все попытки китайских солдат продвинуться дальше.
В первый день обороны Харбина его защитники, предприняв контратаку, ворвались на ханшинный завод, выбили оттуда китайцев и захватили два орудия и 50 снарядов к ним. Все это было привезено на речную пристань. Из трофейных пушек было сделано несколько выстрелов по затону. Засевшие там войска цицикарского цзянцзюня подожгли сооружения затона и весьма поспешно отступили.
В конце первого дня защиты русской части Харбина были организованы похороны погибших в боях. Но китайцы начали обстрел кладбища Нового города, и убитых похоронили в братской могиле у самой сунгарийской пристани.
Следующие дни обороны Харбина прошли в ожидании нового штурма его русской части. Цицикарские войска отошли от нее и собирались с новыми силами, получив подкрепления от цзянцзюня Шоу Шаня. Тем временем защищавшиеся укрепили свои позиции у пристани и возвели новые баррикады.
