Пока шли переговоры о возможной сдаче города, личный состав отряда отдыхал и готовил вооружение и технику к предстоящему штурму. Команда на начало операции поступила около 4 часов утра. В 5 часов отряд изготовился на исходных позициях. Артиллерия и авиация не применялись – местные жители сумели убедить боевиков покинуть город. Начали работу в своей полосе ответственности. Большую часть Гудермеса прошли спокойно. Население отнеслось к вводу войск сдержанно, какая-то его часть – приветливо, а отдельные люди выходили навстречу с продуктами и плакали. Лишь в самом конце города, на северо-восточной окраине, отряд подвергся обстрелу из автоматического оружия со стороны стоящих у леса домов. Однако дистанция для стрельбы была предельная, около 600 метров, поэтому никто не пострадал. Мгновенно отряд развернулся из походного в боевой порядок. По домам отработали из крупных калибров наводчики пулеметов БТРов, а также по команде произвели несколько пусков огнеметчики из РПО-А «Шмель». Два выстрела огнеметов попали прямо в окна двухэтажного каменного здания, оно медленно осело и частично рухнуло. Огневые точки боевиков были подавлены. Позже группа досмотра обнаружила в разрушенном доме два обгорелых трупа и несколько единиц стрелкового оружия. Формально специальная операция в Гудермесе закончилась, однако еще несколько дней отряд проводил выборочную проверку паспортного режима по отдельным адресам. На базу возвращались прямой дорогой через Гудермес, Аргун и Грозный.
Спустя короткое время оба отряда были переброшены под Самашки, где командование федеральных войск планировало провести крупномасштабную специальную операцию. Руководил ею генерал Романов. Войска начали стягиваться к селу за несколько дней. Все это время Анатолий Александрович вел переговоры со старейшинами, попытки мирных жителей покинуть село пресекались боевиками.
В Самашках действовало значительное количество федеральных войск, к операции привлекалась софринская оперативная бригада, бойцы московского ОМОНа и СОБРа. Операция, грамотно разработанная на бумаге, сразу пошла не по плану. Задержка с ее началом составила почти 10 часов. За время, пока старейшины вели переговоры с командующим, боевики успели хорошо подготовить огневые позиции, заминировать пути вероятного движения войск. Лишь в 16.00 первые штурмовые группы вошли в село. Быстро наступившие сумерки были озарены вспышками выстрелов и взрывов. В селе шел тяжелый бой. Особенно трудно пришлось солдатам и офицерам софринской оперативной бригады и московским омоновцам. Приняв ночной бой, они понесли значительные потери, погибло около двух десятков человек. Ни у «Витязя», ни у «Руси», действиями которой руководил заместитель командира отряда по спецподготовке подполковник Виктор Спиридонов, потерь не было. Самашкинская операция получила широкий общественный резонанс. Войска были обвинены в беспричинной жестокости, при этом чеченцы, поддерживаемые отдельными депутатами Государственной Думы России, не стеснялись приводить в качестве обвинений совершенно фантастические факты зверств российских солдат. Однако о количестве погибших и раненых в ходе спецоперации военнослужащих федеральных войск, попавших на улицах села в тщательно подготовленные огневые засады боевиков, не упоминалось вообще. А например, в одной из известных московских газет обнаруженные в селе шприц-тюбики промедола, которые используются военнослужащими для снятия болевого шока при ранении, были представлены как свидетельство того, что войска, вступившие в Самашки, находились… в состоянии наркотического опьянения. Информационная диверсия возымела действие: российская и зарубежная пресса всячески муссировала непроверенные и неподтвержденные ничем факты, для расследования ситуации была назначена парламентская комиссия, которая после длительного разбирательства в конце концов установила истину: в селе шел жестокий бой, ни о каких «зверствах» российских солдат и речи не могло быть.
