Как только Моррей узнал о ее побеге, он собрал в Глазго своих сторонников и выступил против армии Марии. Сражение состоялось 13 мая, и войско Марии было разгромлено.
Сама она спаслась бегством на юг. Шла бешеная скачка, Мария и ее сопровождающие делали по 60 миль в день. Из Олка она написала Елизавете письмо с просьбой о встрече.
16 мая она пересекла границу Шотландии и Англии.
Закончилась бурная глава жизни Марии Стюарт и началась новая, тоже трагическая.
Не успела Мария ступить на английскую землю, как на нее обрушились неожиданные и тяжелые удары.
Первым таким ударом стал отказ Елизаветы принять Марию. Королева Англии сказала, что не может принять «свою дорогую сестру», поскольку та замешана в чудовищном преступлении.
Мария была поражена. Она была уверена, что ей достаточно встретиться с Елизаветой и заявить о своей невиновности, и ей тут же поверят. Она написала Елизавете, что хочет оправдаться в ее присутствии.
Ответ английской королевы был довольно двусмысленным: «О, мадам, на свете нет другого человека, который хотел бы, как хочу этого я, услышать ваши оправдания. Но я не могу жертвовать своей репутацией ради вас. Как только вы обелите себя, я приму вас со всеми почестями, каких вы заслуживаете».
Марии и в голову не могло прийти, что Елизавета будет настаивать на беспристрастном расследовании, но теперь ей прямо сказали, что будет расследование ее вины.
Пока что, как сказала Елизавета испанскому послу, она хочет, чтобы Марию увезли из приграничных местностей, «понравится ей это или нет». Ее перевезли сначала в Болган, а потом в Титбери.
Расследование вины Марии в убийстве ее мужа Дарнлея началось в конце октября 1568 года в Йорке. Комиссия состояла из герцога Норфолка, графа Суссекского и сэра Ральфа Садлера. Марии была предъявлена серебряная шкатулка с письмами, которую хранил у себя Босуэл и которая попала в руки одного из его слуг.
Со временем слушания комиссии были переведены в Вестминстер, где за ходом расследования было легче наблюдать.
Любопытная трансформация произошла в позиции герцога Норфолка. Поначалу он был поражен или притворялся пораженным письмами из серебряной шкатулки, явно говоривших о готовящемся преступлении. Но потом ему пришла в голову мысль, что неплохо было бы жениться на Марии, которую он еще недавно считал убийцей. Он даже имел тайную встречу с Морреем и Летингтоном, на которой обсуждалась возможность его женитьбы на Марии после того, как она разведется с Босуэлом.
