В первую неделю июня мятежные шотландские лорды – как католики, так и протестанты – объединились в своей решимости убрать Босуэла, а может быть и королеву, и возвести на престол ее сына. Босуэл понял, что если он хочет сохранить свою жизнь, то должен сражаться. Он призвал мужчин приграничных с Англией местностей, полагаясь на их преданность, брать в руки оружие и присоединиться к нему в Нелроузе. Но приехав туда, он не застал никого. Шотландские лорды убедили их не выступать на стороне Босуэла.
Тогда он присоединился к королеве в Бортвике и отправил оттуда послания своим приверженцам, умоляя их спешить к нему на помощь со всеми силами, которые они могут собрать. Однако его послание было перехвачено, и мятежные лорды узнали, где он прячется. В ночь на 10 июня они окружили замок Бортвик, но Босуэл ушел потайным ходом. Лорды, думавшие, что он в замке, выкрикивали: «Предатель, убийца, мясник!», они оскорбляли и королеву. Узнав, что Босуэл бежал, лорды отправились с Эдинбург и там на базарной площади объявили толпе, что они взялись за оружие, чтобы «отомстить за убийство короля».
Французский посол Дюкрок предложил королеве свои услуги в качестве посредника между ней и мятежными лордами, но та ответила, что никогда не будет вести переговоры с людьми, которые хотят причинить вред ее мужу.
12 июня Мария, переодевшись в мужскую одежду, бежала и присоединилась в Босуэлу в Данбаре. Он вновь поехал в приграничные места и вернулся в Хаддингтон с 1600 воинами. Потом они вместе отправились в Сеттон, где провели ночь, собираясь на следующий день двинуться на Эдинбург.
Узнав об этом, мятежные лорды решили дать Босуэлу и королеве сражение. Они несли знамя, на котором был изображен убитый, лежащий под деревом, и ребенок, стоящий рядом, воздев руки к небу со словами: «Рассуди нас, Господи, и отомсти за меня».
Посол Дюкрок, сопровождавший армию мятежных лордов, предложил стать посредником. Лорды ответили, что есть только два пути избежать сражения: либо королева бросает чудовище, которое она называет своим супругом, и тогда они будут опять считать себя ее верными подданными, либо Босуэл выйдет на поединок.
Однако они скорее лягут живыми в могилу, чем оставят безнаказанным убийство короля. Эти переговоры кончились ничем. Королева ответила, что не может ставить под угрозу жизнь своего супруга.
Так они и расстались, чтобы никогда больше не встретиться.
Тем временем армия Босуэла и королевы стала таять, солдаты начали разбегаться. Мария послала за одним из мятежных лордов и спросила его, что можно предпринять, чтобы помирить лордов с ее супругом. Ей было сказано, что если она откажется от Босуэла и отправится с ними в Эдинбург, они будут защищать ее, а Босуэл может уехать куда захочет. Но решать она должна немедленно. Ее положение оказалось безнадежным, и она капитулировала.
