10 октября, в тот день, когда де Гиз бросил значительную часть своих сил против Руана и война во Франции достигла критического момента, Елизавета, которая была тогда в Хэмптонкорте, почувствовала себя плохо, у нее резко поднялась температура. Врачи определили оспу, состояние ее все ухудшалось. 16 октября врачи объявили Тайному совету, что жизнь королевы в опасности и она скорее всего умрет в ближайшие дни.
Сесил срочно отправился из Вестминстера в Хэмптонкорт, где созвал заседание Тайного совета для решения вопроса о престолонаследии в случае смерти Елизаветы. В эти критические дни, когда Елизавета находилась между жизнью и смертью, влиятельная группа придворных, в которую входили Сесил, Роберт Дадли и граф Пэмброк, приняли решение отстранить от борьбы за престол и Марию, королеву шотландцев, и Екатерину Грей, и Маргарет Дуглас. Их выбор остановился на Генрихе Гастингсе, который теперь стал Ханлингтоном. Испанский посол Куадро доносил Филиппу II, что протестанты решили объявить Гастингса королем в случае смерти Елизаветы, и что Роберт Дадли, на сестре которого женат Ханлингтон, собирает армию для его поддержки. В ночь на 16 октября врачи уже были уверены, что Елизавета доживает последние часы.
Члены Тайного совета сидели всю ночь в соседнем помещении и ждали смерти Елизаветы, королевы Англии.
Вновь послали за доктором Бархатом, но он, обиженный, отказался приехать. Его доставили почти что силой. Осмотрев больную, он сказал: «Пожалуй, слишком поздно, моя госпожа». Но тем не менее, он распорядился придвинуть ее постель к огню, завернуть ее в теплое одеяло, дал ей выпить какой-то настой.
Елизавета, уверенная, что умирает, выдавила из себя нечто вроде своей последней воли. Она думала о лорде Роберте Дадли. Королева просила Тайный совет сделать Дадли лордом-протектором Англии. Она заверяла Совет, что «очень сильно любит его, и любит его давно, но она призывает в свидетели Господа Бога, что ничего непристойного между ними не было». Утром ей стало лучше, через несколько дней она встала с постели. И единственное, что ее волновало, не испортят ли оспины кожу ее лица. Лицо королевы, к ее радости, осталось чистым, а вот леди Мери Сидней, которая ухаживала за Елизаветой в течение всей болезни, заразилась от нее, отчего ее лицо осталось обезображенным оспинами.
26 октября Руан пал, и де Гиз приказал повесить всех английских солдат, захваченных в плен. После падения Руана протестанты в Дьепе решили сдаться.
