Бабингтон бросил Саваджу деньги, чтобы тот купил себе костюм и без промедления убил королеву. Потом он послал записку Уолсингему и тот ответил, что примет Бабингтона через день или два. В тот вечер Бабингтон ужинал кое с кем из домашних Уолсингема. Он заметил, что одному из ужинавших принесли записку. Бабингтон умудрился из-за плеча читавшего заглянуть в нее и с ужасом понял, что это приказ следить за ним.
Охваченный паникой Бабингтон под каким-то предлогом вышел из комнаты, забыв даже взять свою накидку и шпагу. Он прибежал к одному из заговорщиков, где нашел еще нескольких своих сотоварищей, и выпалил им, что все рухнуло. Они все бежали в лес Сент-Джона, переоделись рабочими и укрылись в Харроу. Через несколько дней их обнаружили и доставили в Лондон.
В Лондоне звонили колокола, жгли фейерверки, словно страна одержала какую-то крупную победу. А Елизавета не замедлина обратиться к Тайному совету с просьбой издать закон, предусматривающий самые жестокие наказания тем, кто будет посягать на ее жизнь. В этом вопросе Елизавета стояла на совершенно противоположных позициях со своей сводной сестрой королевой Марией Кровавой. Мария не придавала большого значения собственной безопасности, но была совершенно беспощадна к еретикам. Елизавета, напротив, была весьма либеральна к католикам, охотно прощала их, а вот к заговорщикам, покушающимся на ее жизнь, была крайне сурова. Оправдание для своей жестокости она находила в исповедуемом ею принципе – она заняла королевский престол Англии по воле Божьей, следовательно, она избранница Бога, а это значит, что те, кто покушается на ее жизнь, покушается на волю Господа Бога и к ним не может быть снисхождения. Когда шел судебный процесс над Бабингтоном и его сообщниками, Елизавета написала Барлею, что по ее мнению заговорщики должны быть подвергнуты медленной и жестокой казни, что должно соответствовать тяжести их преступления. Она считала, что если их повесят, потом утопят и, наконец, четвертуют, то это будет слишком милосердная казнь. Барлею она писала, что если преступников приговорят к повешению, потом, пока они еще будут живы, их кастрируют, вынут у них внутренности, а потом обезглавят и четвертуют, то и этого недостаточно. 20 сентября 1586 года заговорщики были казнены.
Начались душевные терзания Елизаветы. Она предпринимала отчаянные попытки сберечь жизнь Марии, отделить ее от заговора Бабингтона. Так, она потребовала, чтобы в приговоре имя Марии не упоминалось и чтобы ее не называли в обвинительных речах на процессе.
