По поводу строительства шахт для дежурных Р-9 между ОКБ-1 и руководством ракетными войсками разгорелась бурная дискуссия. Мишин предложил идею: по одной шахте рядом с населенным пунктом. Эту идею горячо подхватил Королев. Доводы были самые прозаические: можно сэкономить большие средства, не потребуется строительство специальных военных городков со всеми бытовыми службами в отдаленных и труднодоступных районах.
В 1961 году Королев показывал мне проект письма маршалу Москаленко, в котором, защищая одношахтный вариант, он писал: «… целесообразно считать, что предотвращение решающего военного конфликта может быть обеспечено только при условии конкретного военно-стратегического преобладания лагеря социалистических стран над капиталистическими странами… Отчуждение значительных территорий для строительства в глухих районах и значительные грузопотоки к ним обострят интерес враждебных разведок. Одношахтный автономный вариант у населенных пунктов может быть легко законспирирован…» Это письмо, насколько я помню, не было отправлено. Военное руководство получило решающую поддержку Хрущева и в центральной России для Р-9 был принят вариант, предложенный военными, один подземный командный пункт на три шахты со своими вспомогательными службами подальше от населенных мест.
Желание быстрее пройти первый «конструкторский» этап ЛКИ было очень велико. В течение только 1961 года на него было затрачено 15 ракет. Последний пуск с 51-й площадки 3 августа 1961 года произвели за три дня до запуска Германа Титова на «Востоке-2». На этот раз Р-9 не ушла, а только приподнялась, через 0,3 секунды «села» на старт и сгорела.
Несмотря на аварийный пуск Р-9, Королев не решился оставить нас на полигоне после удачного полета Германа Титова. Не закончив дискуссий в аварийной комиссии по Р-9, все наличные главные конструкторы и их замы улетели на торжества в Москву.
Второй этап ЛКИ Р-9 был в основном шахтным. С марта по ноябрь 1962 года было проведено 14 пусков. Из них 9 сочли удачными. Большая часть аварийных пусков Р-9 относилась на счет двигательных установок и приборов системы управления. Ни одной аварии по вине центрального привода не было.
Для окончательного решения вопроса о возможности принятия Р-9 на вооружение был назначен третий этап ЛКИ. Его называли «совместные ЛКИ», имея в виду, что основную работу проводят штатные военные расчеты, а представители промышленности выполняют в основном роль наблюдателей.
