С давних пор ярославские князья имели «жеребья» в Ярославле, получали доходы с «черных» земель, торгов и пр. Ликвидация суверенитета означала ликвидацию «жеребьев» в Ярославле и соответствующих статей дохода. Превращение наследников великокняжеского и удельных престолов в «служебных» князей, а затем " московских бояр носило достаточно длительный и сложный характер. Но результат этого процесса хорошо известен. К XVI в. в ярославской земле сохранилось гнездо богатых вотчинников из местного княжеского дома, тогда как их обедневшие братья рассеялись по лицу земли " от Москвы до Новгорода и Пскова.
Присоединение к Москве сопровождалось общим описанием ярославских земель. Руководил московской переписью некто Иван Агафонов: «у кого село добро, ин отнял, а у кого деревня добра, ин отнял да описал на великого князя, а кто будет сам добр, боярин или сын боярский, ин его самого записал». Целью описи было упорядочение службы бояр и детей боярских в пределах Ярославля. «Добрых» бояр и детей боярских записывали в службу, у неслужилых села и деревеньки отписывались в казну. Летописец назвал писца Агафонова "сущим созирателем (соглядатаем, лазутчиком. « Р.С.) ярославской земли».
Ростовское княжество лишилось остатков независимости во второй половине XV в. По свидетельству летописи, московские власти употребляли не только насильственные средства в отношении кровной родни. Под 1474 г. летописец записал, что ростовские князья продали Ивану III свою «половину Ростова». Иначе говоря, казна предоставила ростовским князьям денежный выкуп в виде компенсации за «половину» Ростова.
Суздальские, ярославские и даже ростовские князья сохранили в своих руках немалую часть своих наследственных вотчинных богатств. Но ликвидация суверенитета некогда независимых великих княжеств помогла московским властям разрешить труднейшую задачу: создать фонд государственных земель в центральных уездах государства, что было необходимой предпосылкой для распространения поместной системы по всей территории Российского государства.
Взаимоотношения Москвы с Новгородом развивались по иному типу. Новгородская земля была крупнейшей из русских земель, превосходившей по территории Московское княжество. В Новгороде знать сломила княжескую власть и основала боярско-вечевую «республику». Княжеский домен подвергся экспроприации. Князьям, приглашенным в Новгород по «ряду» (договору), запрещалось владеть землями в новгородских пределах. Утверждение новых порядков позволило новгородской земле избежать дробления. К середине XV в. новгородская земля оставалась крупнейшей из русских земель, не уступавшей по территории Московскому великому княжеству. Высшим должностным лицом вечевой «республики» был архиепископ. Всеми делами Новгорода управляли выборные посадники и бояре, составлявшие Совет господ. Однако важнейшие решения Совета утверждало вече (собрание новгородцев). Новгород был древнейшим городом Руси с высоким уровнем экономики и культуры. Он вел оживленную торговлю со странами Западной Европы при посредничестве Ганзейских городов. На севере владения Новгорода включали Кольский полуостров, на востоке простирались до Урала. «Республика» не могла тратить значительных средств на содержание войска, и ее военные силы далеко уступали московским.
