Церковь по-прежнему оставалась без митрополита. Епископы из провинциальных городов не пользовались авторитетом у москвичей. Зато возросло влияние Троице-Сергиева монастыря. В 1438-1439 гг. Василий II дважды посещал обитель, а в 1440 г. пригласил его игумена Зиновия крестить сына Ивана, будущего государя. По свидетельству современника, удельный князь Василий Ярославич, на земле которого располагался монастырь, стал держать братию «не столь честно», как прежние удельные государи Владимир Андреевич и Андрей Радонежский, и тогда Василий II по челобитию братии взял Троицу «в свое государство». Но это произошло позже. Ко времени возвращения Василия II из плена его доброхота Зиновия в обители уже не было. Отправляясь на богомолье в Троицу в начале 1446 г., монарх не подозревал, что попадет в ловушку.
Татары неизменно сопровождали Василия II во всех его выездах. На богомолье он отправился, «отпустив татар». Заговорщики использовали момент для выступления. В ночь на 12 февраля Шемяка и его сообщники без боя заняли Москву. В заговоре участвовали московские бояре, отворившие Шемяке ворота Кремля. Занятие столицы сопровождалось грабежами. Пострадали дома и имущество великого князя и его сторонников. Отдельный отряд воинов был направлен в Троице-Сергиев монастырь для ареста Василия II. Руководили арестом московский боярин Н. К. Добрынский и удельный князь Иван Можайский. Князь Иван обещал Василию II полную личную безопасность: «аще ти восхощем лиха, буди то над нами лихо». Свержение законного монарха он оправдывал заботой о «христианстве» (народе) и необходимостью сократить сумму окупа: «видевши бо се татарове, пришедши с тобою, облегчат окуп, то ти царе давати».
У Василия II была возможность спастись в том случае, если бы за него заступилась троицкая братия. В 1442 г. у стен Троицы игумен Зиновий примирил государя с Шемякой, двигавшимся с войском на Москву. Однако монастырские власти не заступились за монарха. Если верить тверской летописи, мятежники объявили монарху его вины, «положиша доску на персех его среди монастыря, и ослепиша его, и вину возложиша на него». Большего доверия заслуживает, по-видимому, московская версия, согласно которой Василия II бросили «в голый сани, а противу его черньца» (троицкого старца. " Р.С.) и увезли в Москву, где передали в руки Шемяки. Мстя за брата, тот приказал ослепить пленника.
Никто из московских бояр не был взят под стражу вместе с монархом. Пользуясь общей суматохой, боярин В. М. Шея-Морозов скрылся из Троицы с малолетними сыновьями Василия II. Князья Ряполовские дали им приют в своей вотчине, а затем увезли в Муром. Василий II думал искать спасения в Орде, потерпев поражение в борьбе с дядей. Верные ему бояре шли по его стопам. Ради спасения детей они готовы были увезти их ко двору УлуМухаммеда. Ордынские усобицы помешали выполнению их планов. Победитель Василия II Мамутяк после битвы занял Казань и убил сначала местного владетеля Алим-Бека, а затем отца, что позволило ему стать «первым царем на Казани».
