Редко которая коллегия не чувствовала власти Сената, отменявшего ее решения и налагавшего денежные штрафы за неправильные, по его мнению, приговоры. Прокурор Юстиц-коллегии Жилин донес, что в некоторые дни присутствующие съезжаются в разные часы и, хотя все в собраний бывают, только следственных дел не слушают, а читают сами положенные пред ними журналы по делам о переносе из города в город и о записке духовных, и в этом читании почти все время проходит, пока ударит час выходить всем из коллегии; иные подпишут прочтенные журналы, а другие оставляют без подписания, и затем следственные дела поныне остаются без решения, да и от челобитчиков происходят в нерешении дел беспрестанные докуки. Сенат послал в коллегию принести неподписанные журналы; посланный, возвратясь, объявил, что в коллегии присутствующих никого нет; тогда Сенат послал капитана сенатской роты с приказом, что когда присутствующие в коллегию съедутся, то за поздний приезд держать их под караулом безысходно. Советник Юшков объявил, что опоздал, потому что в его доме потолок провалился. Сенат приказал: по такой законной причине освободить его из-под ареста.
В Духовной коллегии, в Св. Синоде продолжались также несогласия между членами и обер-прокурором. В 1749 году князь Шаховской писал императрице: «Я не премолчевая со оными членами о том, что, когда, усмотря по Божеским и вашего импер. величества законам в неисполнении оставленное ими не по силе тех производимое, спорю; за то часто не токмо на меня сердятся и многими словами персонально оскорбляют и заочно, уповаю, и жалобы на меня произносят. И тако мне против многих спорить, определенному и разными опасностями окруженному, единое только есть спасение и покров правосудие и милость вашего импер. величества. А мне б то была наивысочайшая милость, когда б мои поступки и для соблюдения вашего импер. величества интересов ревностные домогательства и с синодальными членами не заедино их жалованье и доходы, но также за упущение экономических порядков и за раздачу в великовотчинные архиерейские домы и монастыри на строение без надлежащего прежде о доходах и остатках отчета более 40000 рублев из казны вашего импер. величества денег и за несобирание в Синод оставшихся в епархиях и монастырях после духовных персон пожитков (в коем числе одних денег и червонных более 20000 рублев находится) и по прочим таковым же делам споры и против всех приносимых на меня жалоб персонально пред очьми вашего импер. величества при них самыми делами доказать и оправдаться позволено было».
