С православным Востоком по-прежнему происходили постоянные сношения. В 1543 году дата была грамота старцам Афонского Пантелеймонова монастыря, по которой они везде в областях Московского государства пропускались свободно, не платя никаких пошлин, получая корм и подводы. В 1547 году митрополит Макарий писал окружное послание о вспомоществовании старцам Пантелеймонова монастыря, пришедшим в Москву за милостынею. Также бил челом царю Паисий, игумен Афонского болгарского монастыря Хиландаря, что им от даней султановых истомы великие и от греков обиды большие: государь бы их пожаловал, послал об них свою грамоту к султану, чтоб тот от даней их пооблегчил и от греков оборонил. Царь исполнил просьбу, послал грамоту к султану. В 1545 году александрийский патриарх Иоаким писал Иоанну, ходатайствуя об освобождении Максима Грека, неправедно заточенного: «Так православные христиане, — пишет Иоаким, — не поступают с бедными людьми, особенно с иноками, и несправедливо держать человека силою и оскорблять; нехорошо верить всякому слову, всякому писанию без испытания. Я никогда не писал к тебе, ничего не просил: так не оскорби меня теперь, не заставь писать вторично, ибо я не перестану писать к тебе, пока просьба моя не будет исполнена».
В 1556 году приезжал в Москву Иоасаф, митрополит евгрипский, с грамотою патриарха византийского: отпустивши его в следующем году, царь отправил с ним грамоту к патриарху Иоасафу, в которой просил о соборном благословении на свое царское венчание. При этом послано было патриарху соболей на 2000 золотых. Просимая грамота была прислана в 1562 году: в ней собор восточных святителей признает Иоанна достойным царского имени, потому что он ведет свое происхождение, от царицы Анны, сестры самодержца Василия Багрянородного, и потому что царь Константин Мономах послал с ефесским митрополитом царскую утварь великому князю Владимиру, который и был венчан на царство.
По смерти царицы Анастасии, брата царского, князя Юрия Васильевича, царевича Иоанна посылались патриархам, на Синайскую, на Афонскую горы, нищим цареградским богатые милостыни. К константинопольскому патриарху посылались из Москвы молодые люди учиться греческому языку: к патриарху Дионисию в 1551 году отправлен был паробок Обрюта Михайлов Греков; царь писал патриарху: ты бы велел его у себя учить грамоте греческой и языку; а если тебе у себя его научить нельзя, то отошли его на святую гору Афонскую, в наш монастырь св. Пантелеймона. После Обрюты посланы были учиться двое паробков-Ушаков и Внуков; патриарх жаловался, что учить их очень трудно, потому что они уже велики, а пристращать их нельзя: как бы к туркам не бежали.
