Утвердив условия капитуляции Дерпта, Иван Грозный даровал принявшим русское подданство ливонцам большие льготы, раздавал захваченные земли детям боярским, оставлял гарнизоны в побежденных крепостях, высказывая намерение присоединить эту область к владениям Московского государства. Осенью 1558 года армия князя Шуйского была распущена.
15 января 1559 года ливонскую границу перешла русская армия князя Микулинского. Она беспрепятственно прошла до Риги, опустошив полосу в 150 вёрст. Попытку сопротивления ливонцы проявили только под Тирзеном, но были разбиты и бежали. Взяв 11 крепостей (замков) и не удерживая их за собой, князь Микулинский опустошил оба берега Западной Двины, сжег корабли под Ригой И через месяц закончил погром в Ливонии.
В сложившейся ситуации новый магистр ордена Готхард Кетлер обратился за помощью к соседним государствам. 31 августа 1559 года Кетлер и король Польши и Литвы Сигизмунд II Август заключили в Вильне соглашение о вступлении Ливонии под протекторат Польши. Соглашение было дополнено 15 сентября 1559 года договором об оказании Польским королевством и Великим княжеством Литовским военной помощи Ливонии. Эти дипломатические акции послужили важным рубежом в ходе Ливонской войны: она превратилась в борьбу государств Восточной Европы за ливонское наследство.
В том же 1559 году ливонское правительство обратилось к сыну шведского короля Густава Вазы, герцогу Иоанну, правителю Финляндии, с просьбой одолжить 200 тысяч рейхсталеров и войско, предлагая в залог несколько земель в Ливонии. Молодой принц, желая расширить свои владения, был не прочь вступить в переговоры, но его отец посоветовал не ввязываться в это дело, так как тогда придется поссориться не только Москвой, но и с императором, королями польским и датским, которые все имеют свои притязания к Ливонии.
Густав Ваза, уже битый «московитами», предпочитал сохранять строгий нейтралитет. Когда ревельские суда напали в шведских водах при Биоркэ и Ниланде на лодки русских купцов и овладели ими, перебив людей, то по приказу короля ревельцев арестовали за это в Выборге. Густав Ваза отправил в Финский залив вооруженные суда для обеспечения безопасности русских купцов, о чем дал знать в Москву. Иван Грозный так отвечал ему на это: «Ты писал нам о неправдах колыванских людей (ревельцев) и о своей отписке, которую послал в Колывань: мы твою грамоту выслушали и твое исправленье уразумели. Ты делаешь гораздо, что свое дело исправляешь: Нам твое дело полюбилось, и мы за это твою старость хвалим».
