Король Ханс I вел войну не только со сторонниками Стуре в Швеции, но и с Ганзой. Воспользовавшись этим, жадный Иван III в 1495 году велел ограбить последних немецких купцов, оставшихся в Новгороде. «Немецкий двор» в Новгороде ликвидировали, товары и имущество купцов увезли в Москву, а их самих бросили в тюрьмы. Позже их отпустили и выслали в Ливонию, но из имущества, естественно, ничего не вернули.
В сентябре 1496 года Иван III отправил трех воевод осаждать Выборг, занятый сторонниками клана Стуре. Осада длилась три месяца. Русские вели огонь по крепости из «огромных пушек длиной 24 фута» (около 7,3 м). Однако взять Выборг не удалось, и в конце декабря русское войско сняло осаду. В следующем году русские войска вторглись в Финляндию в районе Тавастгуса и разгромили шведов. Согласно русским летописям, погибли 7 тысяч шведов вместе с их воеводой.
В июне-августе 1496 года полки, составленные из устюжан, двинян, онежан и важан, совершили поход в Эстерботнию и Каянскую землю, дошли до Ботнического залива и привели местных жителей в русское подданство. В том же 1496 году шведский воевода Свант Стуре с двумя тысячами воинов приплыл на семидесяти малых гребных судах (бусах) из Стокгольма в устье реки Наровы. Шведы осадили новопостроенную крепость Иван-город. От огня шведских пушек и мортир в крепости возник сильный пожар. Московский воевода князь Юрий Бабич струсил и с частью гарнизона бежал из крепости. Шведы заняли Иван-город и захватили в плен не менее трехсот его защитников.
Свант Стуре предложил Ливонскому ордену занять Иван-город, но получил отказ. Тогда шведы частично разрушили крепость и отплыли назад. Город снова заняли русские, которые возвели там новую, более мощную крепость с десятью высокими башнями. Тем временем королю Хансу I удалось возле Стокгольма разбить войско Стена Стуре (старшего), занять шведскую столицу и получить от ригсдага шведскую корону.
Таким образом, уния была вновь восстановлена. А вот Иван III остался «с носом». В 1497 году в Новгороде было подписано перемирие со шведами, произведен размен пленных, но никаких земель, обещанных Хансом I в Нарвском договоре 1493 года, Россия не получила. Единственное, что выторговал Иван III, это согласие шведской стороны вести сношения не прямо с Великим князем Московским, а только через его наместника в Новгороде. До 1478 года это было логично, так как Новгород был фактически независим от Великих князей Владимирских и Московских. Но позже это стало препятствием для нормальных отношений между странами, зато тешило азиатское тщеславие московских князей, мол, шведский король ниже меня, поскольку он может сноситься лишь с моим слугой.
