К началу боевых действий с «федералами» под командованием Басаева было 2 тысячи боевиков. Но после разгрома в Ведено (май-июнь 95-го) в «батальонном» строю осталась лишь десятая часть бойцов.
Никогда не забудется Шамилю день 3 июня, когда ракетно-бомбовым ударом был уничтожен дом Басаева, в котором погибли 11 членов его семьи, в том числе официально зарегистрированная жена и дети. Через 11 дней последовал акт мести. Захват больницы в Буденновске сделал его самым знаменитым на Западе «чеченским волком», между тем как все нормальные люди с осуждением отнеслись к этой чудовищной акции.
Во время чеченской войны 1994-1996 годов он занимал должности командующего юго-восточным фронтом, центральным фронтом. В его активе, кроме рейда на Буденновск, операция по захвату Грозного в августе 1996 года, в пассиве — позорные поражения в Ведено, Ножай-Юрте, Центорое.
Власти проявляли к нему то гнев, то милость. Басаева в упор не замечал Зелимхан Яндарбиев (сменивший убитого Дудаева), который принадлежит к конкурирующему тейпу Мелхи. Сменивший его А. Масхадов, напротив, приглашает Шамиля в правительство, на должность вице-премьера, а затем исполняющего обязанности премьера.
Но словесно-политические баталии, подковерные интриги явно тяготили опытного вояку, и он возвращается к привычному делу — со своим другом Хаттабом начинает подготовку к новой «священной» войне. С этой целью они создают «Конгресс народов Ичкерии и Дагестана», в полевых лагерях растят новых воинов-ваххабитов.
В редкие дни отдыха Шамиль наведывается в абхазский аул Лыхны, в пяти километрах севернее Гудауты, где жила его новая жена — абхазка Джения Индира с их ребенком.
У Басаева, как и у Хаттаба, весьма прибыльный бизнес — производство и продажа наркотиков, им принадлежат плантации мака и конопли в Курчалойском, Гудермесском, Ножай-Юртовском, Веденском районах. Известно, что родной брат Шамиля — Ширвани прикупил за бесценок для расширения дела здание грозненской школы № 40. Завод огражден был колючей проволокой под электронапряжением. Германское оборудование, в консультантах — индийские профессора-фармакологи. За день предприятие «имени братьев Басаевых» могло производить до трех килограммов чистого героина, а на черном рынке один грамм этого зелья стоил 200 долларов.
Новоявленные наркобароны открыли свои «представительства» в С.-Петербурге, Волгограде, Краснодаре, Уфе, Калуге. Деньги текли рекой.
Но наступил «мир», и весной 1999 года, заскучав по военным делам, Шамиль послал гонцов в Албанию, чтобы предложить свою помощь командованию косовских боевиков. Те деликатно отказались от услуг «чеченского волка». А вот в Турции влиятельные ваххабитские лидеры сделали Басаеву такое предложение, от которого, как говорится, невозможно отказаться. Договоренность скрепила весьма крупная сумма. По словам А. Кадырова, еще один миллион долларов в целях «укрепления дружбы между народами» прямо накануне дагестанского похода «спонсировал» Б. Березовский.
