С июня 1994 по 1999 год — член Совета директоров инвестиционного банка «Восток-Запад» (в феврале 1999 года у банка была отозвана лицензия). В 1997 году переизбирался членом Совета директоров инвестиционного банка «Восток-Запад».
В феврале 1995 года был избран в Координационный Совет Движения «Вперед, Россия!» (Борис Федоров) и председателем Московской региональной организации движения, а затем — в бюро КС Движения «Вперед, Россия!».
В декабре 1995 года вошел в общефедеральный список движения «Вперед, Россия!» под №8 на выборах в Государственную Думу (список не преодолел 5% барьер). 17 декабря 1995 года был избран в новый состав Государственной Думы РФ по Преображенскому избирательному округу №199 от блока «Вперед, Россия!». В Государственной Думе второго созыва входил в депутатскую группу «Российские регионы». С 23 января 1996 по ноябрь 1997 года — заместитель председателя Комитета по бюджету, налогам, банкам и финансам Государственной Думы.
21 ноября 1997 года был назначен и.о. председателя Комитета Государственной Думы РФ по бюджету, налогам, банкам и финансам вместо Михаила Задорнова, занявшего пост министра финансов РФ. По собственной просьбе был освобожден от обязанностей председателя МРО движения «Вперед, Россия!» (вместо него председателем стал его помощник Андрей Нестеренко).
С мая 1998 года — член Наблюдательного совета Сбербанка РФ.
20 мая 1998 года, в результате перераспределения обязанностей председателей комитетов Государственной Думы, вновь занял пост председателя Комитета по бюджету, налогам, банкам и финансам. В июле 1998 года был избран заместителем председателя Комиссии Государственной Думы по рассмотрению инвестиционных проектов особой народнохозяйственной и социальной значимости Бюджета развития РФ. 1 декабря 1998 года был включен в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа.
19 февраля 1999 года постановлением Государственной Думы РФ был определен членом Национального банковского совета при Центральном банке РФ — представителем Государственной Думы.
В мае 1999 года, после отставки кабинета Евгения Примакова, Жукову был предложен пост заместителя председателя Правительства РФ, курирующего экономическую политику. 19 мая 1999 года Жуков отказался от предложения войти в правительство. Он мотивировал это тем, что первоначально ему было предложено занять пост первого заместителя председателя Правительства РФ, а после встречи 19 мая между Борисом Ельциным и председателем Правительства РФ
