С 28 марта 1997 года был назначен заместителем руководителя Администрации Президента РФ, одновременно сохранил прежнюю должность. С апреля 1997 года курирует в аппарате Президента РФ международные дела вместо уволенного Д.Рюрикова.
С февраля по ноябрь 1998 года — член совета директоров ЗАО «Общественное российское телевидение» (ОРТ). 12 сентября 1998 года был освобожден от занимаемой должности, якобы — за поддержку кандидатуры Ю.Лужкова на пост премьер-министра.
С ноября 1998 года — вице-премьер Правительства Москвы. Курировал связи с общественно-политическими организациями на международном и региональном уровне. В 1999 году принимал участие в формировании Движения «Отечество» и избирательного блока «Отечество — Вся Россия» (ОВР). Стал членом Центрального Совета «Отечества».
Был заместителем руководителя избирательного штаба ОВР, курировал работу со средствами массовой информации. С 1999 года — председатель совета директоров телекомпании «ТВ-Центр». У специалистов сложилось мнение, что в команде Лужкова Ястржембский сыграл скорее роковую роль, нежели положительно влиял на организационную работу в сфере СМИ.
Баллотировался в Государственную Думу РФ по списку избирательного объединения ОВР (№2 в Поволжской региональной группе). Избран не был.
В январе 2000 года подал в отставку с поста вице-премьера Правительства Москвы.
20 января 1999 года был назначен помощником исполняющего обязанности Президента РФ Владимира Путина по информационному обеспечению чеченской кампании, затем — помощником Президента РФ. На этом посту сблизился с «силовиками» в окружении В.Путина.
30 марта 2004 года был назначен на пост помощника Президента РФ, Спецпредставителя Президента РФ по вопросам развития отношений с ЕС.
Дипломатический ранг — чрезвычайный и полномочный посол 2-го класса.
Награжден золотым знаком «Общественное признание», высшим орденом Словакии «Белый крест».
Владеет английским, французским, португальским, словацким языками.
Автор книг «Социал-демократия в современном мире», «Португалия: трудные годы национального возрождения».
Увлечения — теннис, горные лыжи, охота, филателия, фотографирование.
Женат вторым браком. Два сына от первого брака — Владимир и Станислав. Вторая жена — Анастасия, сотрудник «Политического консультативного центра».
