В 1997-1998 годах занимал должность начальника Департамента государственного реестра федеральной собственности Государственного комитета РФ по управлению государственным имуществом.
В декабре 1996 года вместе со старшим юристом и партнером бюро «АЛМ» Натальей Русиной стал учредителем ЗАО «ОРТ-Консорциум банков» (ОРТ-КБ) (компания объединила капиталы банков — держателей акций АО ОРТ). 9 октября 1997 года был назначен членом Совета директоров ОСАО «Росгосстрах». 24 апреля 1998 года вновь вошел в состав Совета директоров ОСАО. 31 декабря 1997 года Распоряжением Правительства РФ был включен в состав Совета директоров ОАО «Совкомфлот».
9 января 1998 года Постановлением Правительства РФ был назначен заместителем Министра государственного имущества РФ, курировал деятельность трех управлений министерства: науки, культуры, сферы услуг; СМИ, кинематографии, издательско-полиграфической промышленности; финансово-кредитных, страховых, внешнеэкономических организаций. Был членом Коллегии МГИ.
12 февраля 1998 года на общем собрании акционеров ОАО «Общественное российское телевидение» был утвержден членом Совета директоров ОАО. 7 июня 1999 года был введен в состав коллегии представителей государства. 8 июня был вновь избран в состав Совета директоров ОРТ, переизбран 20 июня 2000 года.
26 мая 1998 года был назначен и.о. председателя Российского фонда федерального имущества при Правительстве РФ (РФФИ) «на время болезни» Игоря Липкина. Был освобожден с поста заместителя министра государственного имущества РФ.
В августе 1998 года был назначен членом коллегии представителей государства в ОАО «Связьинвест».
29 августа 1998 года был введен в состав рабочей группы при и.о. Председателя Правительства РФ по выработке неотложных мер по преодолению финансового кризиса. 6 сентября 1998 года был утвержден в должности председателя РФФИ.
В 1998 году вошел в состав Наблюдательного совета Российского центра реструктуризации промышленности (РЦРП). С декабря 1998 года — член Совета директоров Государственной корпорации «Агентство по реструктуризации кредитных организаций» (АРКО). 23 сентября 1999 года был вновь избран в состав Совета директоров АРКО.
10 мая 1999 года Шувалов был назначен председателем коллегии представителей государства в ОСАО «Российская государственная страховая компания». В июне 1999 года был избран в состав Совета директоров ГАО «Всесоюзный выставочный центр» (ВВЦ). 26 июля 1999 года был выдвинут в состав Совета директоров ОАО «Газпром» как представитель государства. 26 августа был избран в состав Совета ОАО. 1 ноября 1999 года был утвержден представителем государства в ОАО «Российский банк развития» (РБР).
