). Один из немногих руководителей мэрии Санкт-Петербурга оставшихся в должности после поражения на выборах Анатолия Собчака. С 1998 по 1999 год — вице-губернатор Санкт-Петербурга. Одной из причин отставки Козака стал конфликт губернатора Яковлева и Законодательного Собрания города по поводу устава Санкт-Петербурга, вводившего ограничения на законотворческую деятельность губернатора, в написании которого принимал участие Козак.
С января по май 1999 года работал в собственной юридической фирме «Нева-Юст». Переехал в Москву по личному приглашению Владимира Путина. В мае-августе 1999 года — заместитель главы Администрации Президента РФ по правовым вопросам. В 1999 году — председатель Совета директоров ОАО «Международный инвестиционный финансовый союз».
12 августа 1999 года распоряжением в.р.и.о. Председателя Правительства РФ был назначен первым заместителем руководителя Аппарата Правительства РФ. Одновременно был назначен и.о. руководителя Аппарата Правительства РФ вместо ушедшего в отпуск Андрея Черненко. 19 августа 1999 года был назначен руководителем Аппарата Правительства РФ — министром РФ.
22 сентября 1999 года был утвержден председателем Российской части Межправительственной Российско-Бразильской комиссии по торгово-экономическому и научно-техническому сотрудничеству вместо А.Черненко.
В ноябре-декабре 1999 года возглавлял предвыборный штаб Владимира Путина. В начале января 2000 года уступил это место заместителю руководителя Администрации Президента Дмитрию Медведеву.
В декабре 1999 года на Козака была возложена организация работ по разработке проекта стратегического развития России до 2010 года. Организацией работы занимался также фонд «Центр стратегических разработок» Германа Грефа.
16 мая 2000 года был предложен Советом Федерации кандидатом на должность Генерального прокурора РФ, однако Президент В.Путин 17 мая предложил Совету Федерации другого кандидата на этот пост — Владимира Устинова, который и был утвержден Генеральным прокурором.
С 1 января по 7 мая 2000 года исполнял обязанности министра РФ — руководителя аппарата Правительства РФ. 7 мая 2000 правительство В.Путина ушло в отставку.
В июне 2000 года был назначен заместителем Руководителя Администрации Президента РФ. С 24 июня 2000 года — член Совета при Президенте РФ по вопросам совершенствования правосудия. 21 августа 2000 года был избран председателем Совета директоров ОАО «Совкомфлот».
С 2000 года занимался, в основном, разработкой ряда реформ: судебной, муниципальной, административной. Так, в январе 2001 года представил руководству Верховного суда и председателям судов субъектов РФ концепцию судебной реформы. Реформа предполагала отмену пожизненного статуса судей, отмену согласования новых кандидатур судей с законодательным органом субъекта РФ, выведение Следственного комитета из состава МВД и передачу ему всех дел, расследуемых милицией, налоговой полицией и прокуратурой. Помимо этого, в июне 2001 года Козак был назначен председателем комиссии по подготовке предложений о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов РФ и органами местного самоуправления.
