Ко времени Клеопатры мемфисские жрецы, занимавшие ведущее положение в Египте, пользовались почти таким же влиянием и почестями, как и во времена фараонов. В первое десятилетие правления Клеопатры верховным жрецом был некий Пшеренипат, который хвастался своим гаремом, вопреки существовавшей среди жрецов Египта традиции единобрачия. Он стал верховным жрецом еще при отце Клеопатры, и это время являлось благоприятным для религии Египта, так как царь, при всем своем интересе к римлянам, много занимался строительством и реставрацией храмов. Хотя часто такие работы носили поверхностный характер, объем их был достаточно велик. На стенах храмов Птолемей XII показан в виде фараона, повергающего своих врагов, подобно Рамзесу и другим древним правителям. Конечно, эти изображения были идеализированными, но они напоминали о древней славе Египта, в уважении к которой воспитана была и Клеопатра. Отец Клеопатры много занимался реставрационными работами также в Карнаке, в северо-восточной части Фив. Этот город был столицей Египта в 1600 – 1200 годах до н.э. и царской резиденцией, подобной которой до того не было. Гомер называл Фивы «городом ста ворот». Местный бог Амон в сознании египтян давно соединился с Ра, богом Солнца в Северном Египте. Этот бог Амон-Ра превратился в могущественное имперское божество, царя богов. Тогда главным в Египте был вовсе не мемфисский жрец, а фиванский верховный жрец Амона-Ра. Храм этого бога в Фивах являлся крупнейшим религиозным центром Древнего мира. Конечно, реставрационные работы, проведенные там Птолемеем XII, принесли большую популярность ему самому и его семейству.
Фараоны считались потомками Амона-Ра, и Птолемеи восприняли эту традицию. Птолемею I Сотеру в Фивах воздавали божеские почести. Однако при его преемниках Фивы превратились в центр беспорядков и смут. Здесь эллинизированное население было самым малочисленным, а коренное население с большой неприязнью относилось к Александрии. Недовольство народа приводило к восстаниям. При Птолемее IV и Птолемее V эта земля сильно пострадала от постоянных мятежей, а Верхний Египет фактически превратился в независимое государство. Уже при деде Клеопатры продолжавшееся в этом регионе сопротивление центральной власти привело к разрушению части легендарных Фив. С тех пор этот город навсегда утратил былое значение, хотя и был знаменит благодаря четырем храмам и некрополю. Эти памятники, привлекающие туристов, и теперь остаются воплощением древней традиции Египта.
