Столица империи, С.-Петербург, несколько отставал. В 1846 г. там было основано «Археологическое и нумизматическое общество», но лишь в 1865 г. эта группа стала по-настоящему деятельной под новым именем «Императорского археологического общества». Наиболее значительным событием в развитии археологических исследований в России была организация в 1859 г. Императорской Археологической Комиссии, которая вскоре заняла лидирующее место в направлении и координации исследований в России. Среди видных членов этой Комиссии, особенно активных в начале двадцатого века, могут быть упомянуты имена Н. П. Кондакова, Н. И. Веселовского, М. И. Ростовцева, графа А. А. Бобринского и Б. В. Фармаковского. После русской революции Комиссия была реорганизована в Институт истории материальной культуры, недавно слившийся с Академией Наук. Археологическая Комиссия посылала в Южную Россию ряд экспедиций, которые проводили раскопки скифских и сарматских могильников, древних греческих городов.
Очевидно, что в течение девятнадцатого столетия работа русских археологов сфокусировалась на древностях классического периода, что в определенном смысле объяснялось великолепием находок. Это было вполне естественно для первой стадии развития археологической науки в России. Постепенно, тем не менее, находки каменного века также начали привлекать внимание ученых, поначалу куда менее многочисленных, нежели их коллеги, которые раскапывали скифские могильники. Граф А.С. Уваров может быть назван пионером исследования каменного века в России. Он также основал Московское географическое общество (1864) Многие из стоянок каменного века были раскопаны им и его сотрудниками в Центральной России в 1870-х годах. В 1881 г. была опубликована книга Уварова об археологии России, базирующаяся в основном на результатах его собственных раскопок. Не менее важными в изучении культуры каменного и бронзового веков стали раскопки, предпринятые в период между 1880 и 1917 гг. рядом русских и украинских ученых, включая В.Б. Антоновича, Н.Ф. Беляшевского, В.В. Хвойко, Е.Р. фон Штерна, Ф.К. Волкова, графа А.А. Бобринского, В.А. Городцова, А.А.Спицына и др. Большинство предметов, найденных в Центральной России, хранились в Московском историческом музее; для находок на Украине важнейшим хранилищем был Киевский археологический музей. Многие местные музеи как на севере, так и на юге обладают ценными коллекциями. Археологические исследования в Сибири также достигли ощутимых результатов, формируясь вокруг местных музеев, из которых наиболее значимыми являются Иркутский (основан в 1805; расширен в 1851: сгорел в 1879; реставрирован в 1882), Тобольский (1870), Минусинский (1877) и Красноярский (1889).
