Через два года, в 1987 году, Галушко стал председателем КГБ Украины, продержавшись на столь высоком посту до самого августовского путча 1991 года.
Во время путча его лучший друг Леонид Кравчук — член политбюро ЦК компартии Украины, ведавший идеологией, став на волне горбачевских реформ председателем Верховного Совета Украины, — отдал приказ об аресте председателя КГБ Галушко. Кравчук стремился не отстать от Москвы, где был арестован председатель КГБ СССР Крючков. Галушко обвинили в активном соучастии в ГКЧП, что было святой правдой. Кроме того, Кравчук, в одночасье превратившийся в «самостийника», обвинил Галушко в том, что тот — «агент Москвы» и член радикальной депутатской группы «Союз».
Но, в отличие от Крючкова, которому бежать было некуда, Галушко не дал себя арестовать и сбежал в Москву. Казалось бы, по царившим тогда в Москве настроениям беглый председатель КГБ Украины должен был либо быть арестованным, либо, в лучшем случае, отправлен в отставку и в небытие с шансами выплыть только на каком-нибудь полуфашистском митинге года через полтора.
На Лубянской площади сиротливо стоял постамент, с которого совсем недавно краном стащили «железного Феликса», накинув ему на горло петлю стального троса, а место председателя КГБ занимал «добрейший» Вадим Бакатин, публично поклявшийся очистить КГБ от всех, хоть как-то запятнанных в борьбе со свободой и демократией. Но то ли потому, что сам Бакатин был некогда первым секретарем Кемеровского обкома КПСС и знал Галушко по совместным боям с международным сионизмом и идеологическими диверсантами, то ли по какой-то другой причине, но Галушко был снова взят в Центральный аппарат и некоторое время тихо работал в Секретариате сперва у Бакатина, а затем и у Баранникова. Из секретариата он так же незаметно был переведен в заместители министра и, как «профессионал», умело вел интригу против «мента» Баранникова, стуча на него своему старому кемеровскому другу Виктору Черномырдину, а через него — президенту.
Растроганный Ельцин, выгнав Баранникова, назначил именно Галушко исполняющим обязанности министра безопасности, хотя сам очень хотел видеть на этом посту своего очередного фаворита, Степашина — бывшего милицейского политработника, сделавшего неслыханную карьеру на волне липовой демократии, пройдя за неполных два года путь от подполковника до генерал-лейтенанта. Но Черномырдин убедил президента, что Степашин «дела еще не знает», а Галушко — профессионал.
