Он начал службу в 49-м иап под командованием майора Неделина. В 1939г. полк был направлен на Карельский перешеек, где Баклан совершил 40 боевых вылетов на И-153, на штурмовку финских войск, был награжден орденом Красного Знамени.
Войну он встретил на западной границе, в кабине истребителя. 23 июня чуть не погиб при бомбежке — шальная бомбочка-«лягушка» угодила между его спиной и спинкой кресла. Спас парашют, хотя и весьма необычным образом. Полк потерял матчасть в первые дни войны и был выведен на переформирование. В июле на Як-1 при штурмовке аэродрома в Новгороде-Северском Баклан сбил на взлете свой первый «мессер». В августе над Бахмачом уничтожил Хш-126, выбросившийся с парашютом летчик был взят в плен… К февралю 1942 г., когда Баклан был переведен в 521-й иап, в эскадрилью И. Клещева, на его счету было 6 побед (3 Ме-109, 2 Ю-88, Хш-126). В марте, атаковав во главе звена большую группу Ю-87, прикрытых истребителями, он в долгом маневренном бою сбил Ю-87 и Ме-109 и на высоте около 8000 метров потерял сознание. Придя в себя, сумел вывести самолет из пикирования. Эволюции были столь резки, что у него лопнули барабанные перепонки. Через несколько дней, пытаясь взлететь после вынужденной посадки, вдребезги разбил машину. Невредимый и обескураженный сидел некоторое время в кресле среди обломков самолета.
В апреле 1942 г. Баклан вместе с Клещевым, Алкидовым, Карначенком и Бабковым прибыл в Москву, где по штату 015/74 комплектовался из 32 самолетов особый 434-й иап трехэскадрильного состава.
Летчики полка отличились в боях под Сталинградом, где летом 1942 г. сбили 90 самолетов противника. В день своего 25-летия Баклан сбил Ме-109, сам подвергся атаке тройки, был ранен в руку, уходил на столь малой высоте, что один из преследователей задел за землю и взорвался.
В начале сентября полк пересадили на Як-7Б. В первом же вылете на новой машине летчик сбил «экзота» — Макки-200.
К октябрю на его счету было 400 боевых вылетов, 13 личных и 23 групповые победы. В конце 1943 г. Баклан переводится в «маршальский», тогда еще 19-й, иап (176 гиап), на должность комэска три. Здесь на Ла-5ФН он сбил 2 Ме-109, а после перевооружения на Ла-7 вновь сделал почин: 24 июня 1944 г. сбил ФВ-190. В июльских боях им было уничтожено ещё 3 истребителя противника.
В начале сентября его эскадрилья, ведомая замкомполка гвардии капитаном И. Кожедубом, была направлена в Прибалтику для борьбы с неприятельскими «охотниками». За короткий период их группа сбила 12 вражеских истребителей, расчистив воздух от любителей молниеносных атак, а эфир — от победных криков «Хорридо!». В боях был потерян самолет, сбитый огнем зенитной артиллерии. Баклан невысоко оценивал тактику немецких асов: «Охотники» отнюдь не дураки: когда им невыгодно, они боя не принимают, а просто уходят. Их собственные атаки всегда бывали скоротечными: обстреляют — и деру».
