В целом кардинал Робер де Курсон формально признал за преподавателями и школярами университета право на объединения. Папство дало им в руки оружие сопротивления, защиты и нападения, и они могли им воспользоваться против стражников и горожан, но особенно против парижской церкви и ее канцлера. И едва минуло четыре года после реформы, как конфликт между университетом и епархией, доселе скрытый, вдруг принял острый характер. В 1219 г. Петр Немурский, парижский епископ, и Филипп де Грев, канцлер, объявили об отлучении всех членов университета, которые объединились или объединятся клятвой без разрешения епископской власти или ее представителей. Отлучался также всякий, кто, видя школяров, бегущих ночью с оружием по улицам, не донес на них официальным органам или в канцелярию. По сути, завязавшаяся борьба была борьбой между епархией и Святым престолом, поскольку епископ препятствовал университету пользоваться правом создания союзов, предоставленным папским легатом. Петр Немурский не признает законность этого пожалования и на этой почве становится в открытую оппозицию Риму. Он целиком сознает серьезность содеянного и, дабы узаконить предпринятую меру, опирается на прецедент, подтвержденный другим легатом. Он и Филипп де Грев намереваются просто возобновить отлучение магистров и студентов, предпринятое предшественником Петра Немурского, епископом Парижским Эдом де Сюлли, с одобрения легата Иннокентия III, кардинала Октавиана. Но текста этого первого приговора об анафеме никто никогда не видел, и Петр Немурский, от которого его требуют, не может его показать. Ничего о нем не говорят и документы времен Эда де Сюлли. Впрочем, возможно ли, чтобы тот санкционировал постановление, направленное против университетской корпорации, которой покровительствовал Рим?
Создается впечатление, что в своей булле от 30 марта 1219 г. папа Гонорий III неявно обвиняет епископа Парижа в том, что тот выдумал это исчезнувшее постановление Эда де Сюлли. Во всяком случае, он приказывает архиепископу Руанскому аннулировать недавнее отлучение и грозит гневом Святого престола всякому, кто позволит себе объявлять университету анафему без утверждения ее римской церковью. И здесь право Папы и право епископа приходят в прямое столкновение. Пришлось 11 мая 1219 г. обязать другого представителя римской власти, епископа Труа Эрве привести Петра Немурского к повиновению. Благодаря второй булле нам известны в деталях некоторые детали процесса.
