Но всегда ли было возможно целиком и полностью приравнять студента к клирику? Вопрос был поднят в 1208 г., когда легат Иннокентия III кардинал Гуала заставил духовенство Парижского диоцеза принять указ, направленный на исправление нравов. Самым суровым наказаниям подвергали клириков, которые не носили тонзуру и одеяние своего сословия, а также тех, кто продавал таинства, занимался торговлей, жил с женщинами. Должно ли проявлять подобную строгость к магистрам и студентам университета? Кардинал рассудил, что это затруднительно, ибо он посчитал своим долгом завершить указ статьей, касающейся исключительно школяров. Школяры-правонарушители не могут, как прочие клирики, подлежать немедленному отлучению. Для начала профессора предупредят их всех вместе и пригрозят анафемой. Если же они будут упорствовать в своих проступках, университетская власть в присутствии всей школы их снова предупредит, но на этот раз индивидуально и поименно. В случае продолжающихся бесчинств они будут выданы канцлеру собора Богоматери для отлучения и останутся отлучены, покуда не получат прощения от епископа или, в его отсутствие, от аббата Сен-Виктора.
Именно папство делает для школяров подобное дисциплинарное предписание, единолично рапоряжаясь привилегированным сословием. В 1207 г. Иннокентий III, найдя чрезмерным число профессоров теологии, единовластно свел его к восьми. Двумя годами позднее он позволил университету реформироваться самому. Некоторые молодые доктора искусств не боялись нарушать полученные предписания. Их упрекали в малопристойном внешнем виде, в несохранении традиционного порядка на уроках и диспутах, в абсолютном пренебрежении к обязательному присутствию на похоронах собратьев. Корпорация избрала восемь присяжных с поручением выработать нормы поведения, обязательные для всех магистров. Только один среди них отказался покориться и принести клятву. Его вывели из состава профессоров. Немного позднее он смирился, принес повинную и попросил о восстановлении. Но понадобилась булла Иннокентия III (1208-1209 гг.), чтобы позволить ему вернуться в сообщество. По столь активному вмешательству папской власти в мельчайшие детали университетской жизни можно судить о той роли, которую оно брало на себя в сложных обстоятельствах. Рим — могущественный покровитель, к которому прежде всего прибегают магистры и студенты, когда моральные и материальные интересы корпорации оказываются в опасности.
