В 1946 году академия впервые перешла на двухгодичный срок обучения, по завершению которого офицеры и генералы должны были уметь управлять соединениями и объединениями от корпуса и выше, работать в оперативно-тактическом звене.
В годы учебы В. Ф. Маргелова в Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова ее возглавлял Герой Советского Союза генерал армии М. В. Захаров. Пути Маргелова и Захарова уже пересеклись — в Белорусском военном округе. Матвей Васильевич был выходцем из крестьян Тверской губернии. Петроградский рабочий, он стал с первых дней Октябрьской революции преданным защитником ее завоеваний. Обладавший недюжинной природной сметкой, Захаров в 1919 году одним из первых был направлен командованием РККА в Высшую школу штабной службы, учеба в которой во многом определила будущее краскома. В школе преподавали военспецы из бывшего Генерального штаба русской армии, а у них было чему поучиться.
Ко времени поступления Маргелова в академию за плевами Захарова были уже академия имени М. В. Фрунзе и Академия Генштаба, а в годы Великой Отечественной войны в качестве начальника штаба армий и нескольких фронтов он принимал участие в разработке крупных наступательных операций. Утверждая М. В. Захарова на должность начальника академии, народный комиссар обороны И. В. Сталин подписал 30 января 1946 года примечательный приказ. В нем говорилось:
«Генералы и офицеры, окончившие высшую военную академию должны:
а) хорошо знать основы боя корпуса, технику и тактику родов войск и уметь организовывать взаимодействие всех сил и средств корпуса в бою;
б) изучить организацию и проведение армейской операции, уметь применять в ней артиллерийские, танковые авиационные соединения и материально обеспечивать операцию;
в) изучить решающие операции Великой Отечественной войны, этапы развития военного искусства;
г) знать организацию, тактику и оперативное искусство иностранных армий;
д) знать основы оперативной подготовки пригранично го округа к войне и основы отмобилизирования военных округов;
е) совершенствовать знания одного из иностранных языков...»
Как следует из документа, упор в обучении слушателей был направлен на глубокое изучение и обобщение опыта минувшей войны, на широкомасштабное мышление военачальников. В приказе привлекают внимание два пункта. Кого в ходе учебы предлагалось рассматривать в качестве вероятного противника? И почему только приграничные округа должны были стать базовыми в разработке оперативно-мобилизационных мероприятий на случай военного столкновения? Ответы были обусловлены прежде всего коренным изменением во взаимоотношениях бывших союзников по антигитлеровской коалиции. Об организации, стратегии и тактике вооруженных сил США и Англии известно было очень немного. И вовсе не случайно, что в названии кафедры «Вооруженных сил иностранных государств», которую в 1945 — 1947 годах возглавлял генерал-майор П.Н.Рубцов, спустя некоторое время добавились слова: «и разведки». В 1946 году на горизонте замаячила угроза ядерной войны, что коренным образом меняло представление о характере возможных военных столкновений.
