Между тем П. А. Бадмаев стал автором первых научных работ по тибетской медицине, опубликованных на русском языке. Он приложил немало сил, чтобы сделать эту науку достоянием не только российских, но и европейских врачей: первым перевел на русский язык основное руководство по тибетской медицине «Чжуд-ши». В 1898 году оно вышло под названием «О системе врачебной науки Тибета». В предисловии к нему автор уведомил читателей, что они могут подписаться на последующие выпуски, равно как и на «Общедоступный лечебник по системе врачебной науки Тибета». К сожалению, по известным причинам имя Бадмаева долгое время не упоминалось в медицинской литературе.
Тем не менее его книгу «О системе врачебной науки Тибета» высоко оценил известный терапевт С. М. Васильев, в то время возглавлявший клинику Дерптского университета: «Каждый образованный европейский врач с несомненностью убедится, что тибетская медицина достигла поразительного развития и, несомненно, в некотором отношении значительно опередила европейскую».
Но врачи, и особенно фармацевты, большей частью, вовсе не стремились использовать на практике методы восточной медицины. Бадмаева по-прежнему называли шарлатаном. Открыто и необоснованно выдвигались и такие обвинения, которые вынуждали его защищать свою врачебную репутацию.
В январе 1904 года Санкт-Петербургский окружной суд приступил к рассмотрению дела о распространении клеветнических измышлений в печати. Поводом для иска Бадмаева послужила заметка в Санкт-Петербургской газете «Новости», где доктор Крендель выражал скорбь по поводу кончины профессора консерватории К. фон Арка, называя ее «преждевременной». Это было прямым обвинением лечащего врача Бадмаева в некомпетентном и непрофессиональном лечении. Однако доктор Крендель был оправдан.
За этим судебным процессом следила российская общественность. Недоброжелателям Бадмаева был дан удобный повод для дальнейших нападок. Магистр фармации Е. А. Альтгаузен опубликовал в журнале «Фармацевт», редактором-издателем которого являлся, разгромную статью против Бадмаева. Он назвал «абракадаброй» работы Бадмаева по тибетской медицине, не скрывая, впрочем, что «не взял на себя труда изучить их». Автор статьи даже не пытался завуалировать истинную причину злобных и грубых выпадов: по его подсчетам выходило, что петербургские аптеки лишились по вине конкурента, державшего свою аптеку, возможности изготовить «300 тысяч нумеров рецептов».
