Дневниковые записи Ньютона тех лет свидетельствуют о глубоком интересе, который юный Исаак проявил тогда к фармакологии и который сохранил на долгие годы. Директор школы Генри Строукс сразу заметил незаурядные способности юного Исаака, несмотря на то что юноша первоначально особенно не выделялся среди сверстников. Он пришел в негодование, когда мать вскоре забрала своего шестнадцатилетнего сына из школы. Исаак вернулся домой, однако жизнь на ферме показалась ему утомительной и скучной. Под влиянием Строукса и дяди по матери Уильяма Эйскоу, получившего образование в Кембридже, было решено, что Исаак снова вернется в школу, чтобы подготовиться к поступлению в кембриджский Тринити-колледж.
В 1661 году началась учеба Ньютона в Кембридже. Вскоре он стал стипендиатом, однако ему следовало работать, чтобы содержать себя во время учебы в университете. Несмотря на то что Ханна Ньютон была богатой вдовой, она, судя по всему, не особенно старалась облегчить сыну годы, затраченные на обретение академических знаний. Исаак Ньютон получил в 1665 году степень бакалавра, после чего вернулся в родительский дом, в Вулсторп. Здесь он провел следующие полтора года.
Причиной его столь долгого отсутствия в университетских стенах была эпидемия чумы, унесшая многие жизни. В Вулсторпе Ньютон продолжил свое образование, самостоятельно изучая математику. Два года его жизни – 1665-й и 1666-й – биографы Ньютона называют «чудесными годами» – anni mirabiles.
Процесс вычисления суммы дуг кривой – метод, применяемый в интегральном и дифференциальном исчислении, позволил заложить фундамент изучения движения планет по орбитам. Изучение сил, воздействующих на планеты, привело в будущем к открытию Ньютоном законов всемирного тяготения.
Чума, вынудившая людей разъехаться по разным местам, пошла на убыль, и в 1667 году университет возобновил работу. Ньютону было присвоено звание члена научного общества Тринити-колледжа; он также удоетоился звания магистра и получил право пожизненного преподавания в университете. В 1669 году Исаак Ньютон стал преподавателем математики и начал восхождение к вершинам научных открытий.
Англиканская церковь являлась главным столпом общественной и научной жизни, к которой Ньютону необходимо было приспособиться. По религиозным убеждениям Ньютон был пуританином и потому сосредоточил все свои усилия на научных исследованиях, дабы избежать соблазнов, способных отвлечь его внимание. В 1674 году потребовалось вмешательство одного его друга, королевского капеллана, чтобы освободить ученого от обязанности принятия духовного сана.
