Уничтожение коммунистической партии совпало с планомерной ликвидацией последних курдских повстанцев. Одностороннее осуществление Саддамом Мартовского манифеста, начатое в 1974 году, продолжалось после поражения курдского восстания вслед за Алжирским соглашением. Границы спорных территорий, таких как область Киркука, были заново пересмотрены. Саддам хотел удостовериться, что курды там уже не в большинстве, а стало быть, их сепаратистские претензии в будущем будут невозможны. С этой целью он возобновил свои систематические усилия изменить демографический баланс в Курдистане насильственным переселением курдов и заменой их арабами. Действия, которые были повторены через десять лет, на конечной стадии ирано-иракской войны, когда многочисленные деревни вдоль иранской (и в меньшей степени турецкой) границы были разрушены до основания и их население переселилось в различные части страны, чтобы освободить место для «зоны безопасности» между Ираком и его соседями. Многие поселения и в других частях Курдистана также были разрушены или заселены арабами. Курды в большом количестве были переселены в южные районы Ирака, где их поселили в арабских деревнях группами не более пяти семей на деревню. К 1979 году были переселены более 200 000 курдов.
Но хотя военная инфраструктура курдского национального движения была до основания разрушена в 1975 году и основной источник их военного снабжения был полностью перекрыт, правительственные репрессии снова не могли не разжечь вооруженного сопротивления курдов. Партизанские операции возобновились в 1976 году и вскоре стали серьезно беспокоить центральное правительство. Весной 1978 года несколько раз сообщалось о крупномасштабных военных действиях в северном Ираке и о столкновениях между армией и курдскими партизанами. Согласно некоторым источникам, более 1 000 иракских солдат и курдов были убиты, а девять деревень сожжены. Средства массовой информации, контролируемые государством, отрицали эти сообщения, говоря вместо этого, что «несколько десятков шпионов и террористов, которые осуществляли бомбардировки и убийства в Сулеймании в апреле» казнены.
К большому облегчению Саддама, курдское национальное движение страдало от общинных и племенных разногласий. Курдов разделила также смерть в марте 1979 года Мустафы Барзани, символа курдского сопротивления – они лишились признанного вдохновенного руководителя. Все это, сделало курдское сопротивление режиму далеко не таким, как вооруженная борьба в начале 70-х годов. Вслед за катастрофичным для курдов Алжирским; соглашением 1975 года, когда Иран прекратил свою поддержку, курдское движение разделилось на два лагеря – временное руководство КДП, возглавляемое Масудом Барзани, и Патриотический союз Курдистана (ПСК), руководимый Джалалом Талабани. Оба они выступали за вооруженную борьбу против режима, но партия Барзани была «традиционно» националистической, тогда как ПСК заявлял, что руководствуется марксистско-ленинской идеологией. Первая впоследствии сочувствовала Ирану Хомейни и поддерживалась им; последнему помогала Сирия.
