Первой серьезной трудностью, с которой столкнулся Саддам после своего побега, были отношения с братской партией в Сирии. 23 февраля 1966 года военный переворот привел к власти в Дамаске радикальную марксистскую фракцию Баас. Афляк, аль-Битар и другие члены старой гвардии были арестованы, а Национальное управление, высший орган партии, был временно распущен. Хусейн и его близкие соратники взирали на это развитие событий с тревогой. Радикализация сирийского режима и его стремление восстановить Национальное управление под крылом Дамаска грозили превратить иракскую Баас всего лишь в слепого исполнителя сирийской воли. То, что сирийское руководство состояло из армейских офицеров, оказалось примером, которого Хусейн впоследствии стремился избегать. Хотя он ясно осознавал необходимость сотрудничать с армией, чтобы свергнуть Арефа, у него не было намерения делить с ней политическую власть. Он уже понял, что мощная и независимая армия всегда представляет угрозу для гражданского правительства. И самое главное – приход к власти марксистской фракции в Сирии вернул страхи относительно возможного восстания левацкой фракции иракской Баас, подавленной, но не полностью уничтоженной в 1963 году.
Не желая признавать главенство Дамаска, Хусейн инициировал Чрезвычайный региональный съезд, чтобы определить реакцию иракской Баас в ответ на сирийский вызов. Конференция, созванная в сентябре 1966 года, стала водоразделом в истории Баас. Хотя иракская Баас сформировала свое собственное панарабское Национальное управление только в феврале 1968 года, Чрезвычайный съезд, собравшийся в 1966 году, усилил идеологический и организационный раскол между партийными организациями Баас в Ираке и Сирии. Объединенная с Региональными управлениями, Баас в соответствующих странах перестала существовать. Она была заменена двумя отдельными партиями, одной в Дамаске, а другой в Багдаде, и обе они объявляли себя законными наследницами бывшей партии, и у обеих было панарабское Национальное управление, включающее представителей из других регионов. Именно с этого времени началось жестокое внутриарабское соперничество между Сирией и Ираком, ставшее характерным для многих периодов карьеры Саддама.
Сыграв ключевую роль в ускорении разрыва с Дамаском, Хусейн сосредоточился на восстановлении организации партии в Ираке, но не раньше, чем он вычистил дотоле остающихся там левых элементов. Он закончил формирование партийного аппарата безопасности (который лично возглавлял), заложил основы новой партийной милиции и расширил сеть партийных организаций по всему Ираку. Прежде всего вместе с Ахмедом Хасаном аль-Бакром и узким кругом соратников он начал расчетливо плести сложную паутину, которая должна была затянуться вокруг президента Арефа через пару лет.
