Чтобы заполнить возникший вакуум власти в иракском руководстве, на сцене появилось Национальное управление в Дамаске, принявшее на себя руководство иракским филиалом. Это оказалось роковой ошибкой. Поскольку иракское руководство Баас было успешно устранено, а вмешательство Национального управления в иракские дела рассматривалось общественностью как грубое нарушение суверенитета страны, репутация партии в Ираке опустилась до низшей точки. Это, в свою очередь, позволило президенту Абдель Салам Арефу, которого Баас сделала чисто номинальной фигурой, выступить против своих прежних благодетелей. В ноябре 1963 года, после девяти бурных месяцев у руля, Баас оказалась вышвырнутой из коридоров власти.
Это вытеснение было болезненным событием в истории Баас. Баасисты почувствовали горечь великой потери, упущенной исторической возможности. После язвительных взаимных обвинений и напряженных махинаций для занятия постов начался процесс самоанализа и критики. Но так же, как всеобщее благо не всегда приносит пользу каждому отдельному человеку, так и коллективная неудача часто не бывает фатальной для всех. Для Саддама Хусейна провал партии оказался скрытой удачей, важным поворотным пунктом в его карьере, за несколько лет сделавшим его одним из самых могущественных людей в партии.
Пока Хусейн был незначительным членом центристской фракции в администрации правящей Баас, учитывая предыдущую расстановку сил, шансы на его быстрое продвижение были фактически равны нулю. Однако, как только в партии началась сумятица, перед молодым и честолюбивым уроженцем Тикрита открылись многообещающие перспективы. К середине 60-х годов группировка Бакра превратилась в господствующую силу внутри Баас. Сам аль-Бакр в 1964 году был избран членом Национального управления, а через год стал генеральным секретарем Иракского Регионального управления. И в его свите оказался Саддам. Он быстро завоевал доверие Бакра, став его близким доверенным лицом и, в конце концов, его правой рукой.
Вскоре последовала награда за верность. В феврале 1964 года Седьмой съезд Национального управления попытался вдохнуть новую жизнь в ослабленную иракскую ветвь, учредив временное Региональное управление и исключив тех, кто был замешан в потере партией власти. Благодаря усилиям Мишеля Афляка и поддержке Бакра, Хусейн был назначен секретарем нового органа. Когда в конце года постоянное Региональное управление было восстановлено, они оба ввели своего молодого протеже и в него.
