Чистки сопровождались организационными изменениями, направленными на дальнейшее укрепление рычагов управления. В тот день, когда Хусейн пришел к власти, он сразу же слил несколько министерств, заменил восемь министров и создал пост первого заместителя премьера и пять постов заместителей премьера. Важнейшую новую нишу занял Таха Ясин Рамадан, а остальные были отданы двоюродному брату Саддама и министру обороны Аднану Хейраллаху Тульфаху и четырем близким доверенным лицам – Наиму Хаддаду, Тарику Азизу, Саадуну Гайдану и злополучному Аднану Хусейну аль-Хамдани. Другой родственник Саддама, Саадун Шакир, стал министром внутренних дел, сменив Из-зата Ибрагима аль-Дури, вновь назначенного заместителем председателя СРК. Чтобы продвинуть проправительственных элементов внутри курдского сообщества, Саддам назначил нескольких, курдских деятелей на высшие партийные посты.
Изменив структуру кабинета, Саддам предпринял шаги, чтобы увеличить свою власть за счет основного органа в стране – Совета революционного командования. Он никогда полностью не доверял СРК, хотя понимал, что его путь к посту президента оказался успешным во многом благодаря авторитету этого органа. На протяжении 1970-х годов он обеспечил себе надежное большинство в СРК, и первым его шагом после того, как он стал президентом, было очистить его от людей с тенденцией к независимости мышления. Он достиг этой цели и даже более того. Помимо устранения последнего возможного бастиона инакомыслия, чистки в июле 1979 года так запугали оставшихся членов СРК, что довели их до состояния полнейшего раболепия. Но даже это не удовлетворило Саддама, и он решил укрепить официальные и фактические полномочия президента за счет полномочий СРК. С этой целью он активизировал кабинет, который раньше был практически бездействующим органом. Он начал проводить регулярные заседания по обсуждению государственных дел, председательствуя на них в своей должности премьер-министра. Для Саддама кабинет оказался полезным исполнительным инструментом, который был абсолютно лишен возможности осуществлять независимый курс. Другим способом, который Саддам использовал, чтобы обойти СРК, было то, что Совет все больше полагался на указания президента, определяемые как «директивы», «инструкции» и «указы» для управления страной. В марте 1980 года Хусейн с этой целью ввел в действие Закон о Национальном Собрании, передавший широкие полномочия президенту за счет СРК.
