Подоплека баткенских событий, их корни, причины в общем русле современного исламского экстремизма, нацеленного против прогрессивного светского развития государств Центральноазиатского региона, избравших после распада СССР строительство гражданского, демократического общества, достаточно исследованы в ряде научных публикаций. Ученые, политические деятели, журналисты с разных позиций анализировали причины вооруженного конфликта, ход боевых действий в Баткенском, Кадамджайском, Чон-Алайском районах Ошской области Кыргызской республики в 1999 - 2000 годах. Их выводы, в основном, сводились к следующему:
1.Религиозный экстремизм ныне приобрел форму масштабной перманентной войны (Чечня, Афганистан) или систематических террористических актов (Ближний Восток, Кашмир), совершаемых бандами международных террористов, вооруженных и обученных на нарко- и нефтедоллары. Их идеологией является "джихад" - война с "неверными", исповедующими не только другую религию, но и придерживающихся светского образа жизни, демократической политической ориентации. Баткенские события - это лишь часть религиозной экспансии. Активизация "исламского фактора" в 90-х годах вызвана появлением на мировой арене молодых независимых государств из числа республик распавшегося Союза ССР, расположенных в традиционно мусульманском регионе: Узбекистана, Азербайджана, Казахстана, Кыргызстана, Таджикистана, Туркменистана. Геополитические интересы, богатые природные ресурсы, затянувшийся экономический кризис в регионе создали сравнительно благоприятную почву для замены химерной коммунистической идеи всеобщего равенства, мнимой свободы и "счастья", насаждавшейся на протяжении 70 лет советским тоталитарным режимом, идеей религиозного фанатизма, вооруженной борьбы за мировое господство, отказа от благ цивилизации во имя обретения "подлинной духовной свободы" и приобщения к "истинным " духовным ценностям ислама.
2. Фанатичная идея религиозных экстремистов в лице его наиболее рьяных приверженцев ваххабитов о перманентном джихаде получила новый импульс после успехов религиозного движения "Талибан" в соседнем с Таджикистаном и Узбекистаном Афганистане. Здесь талибы вооруженным путем за годы гражданской войны установили свою власть на 92% территории Афганистана. Бои с верными законному правительству Раббани войсками шли на севере страны, в непосредственной близости с границей Таджикистана.
Расширению влияния ваххабитов способствовали и события в Чечне, где первая война (1995-1996 годы) завершилась фактическим признанием Россией легитимности режима А. Масхадова, который возвел бандитизм, насильственный захват соседних территорий, работорговлю, разграбление природных ресурсов в ранг государственной политики. Заявляя на словах о своей готовности "навести порядок и положить конец захвату заложников", режим Масхадова на деле поощрял международный терроризм, сепаратизм, становился оплотом, центром международной организованной преступности и наркобизнеса. В Чечню направлялись для отмывания незаконно нажитые капиталы, здесь скрывались от суда и следствия уголовные преступники, объявленные в розыск в ряде стран СНГ. Здесь создавались базы для подготовки террористов, изготавливались взрывные устройства, затем использовавшиеся при совершении терактов в Москве, Буйнакске, Волгодонске, Пятигорске, повлекшие многочисленные человеческие жертвы. Характерно, что превращение Чечни в оплот международного терроризма проходило и происходит под массированным прикрытием идеологической словесной завесы о "борьбе народа за свободу и независимость", создания мученического ореола вокруг личностей таких преступников, как Басаев, Хаттаб, Радуев, Гелаев и т.п. Причем в некоторых кругах мировой общественности такой подход находит поддержку. Свидетельство тому - высказываемое некоторыми лидерами Европейского Союза мнение о возможности создания на территории Чечни суверенного мусульманского государства наподобие Азербайджана или решение Межпарламентской Ассамблеи (апрель 2000г.) о приостановлении членства России в этой международной организации в связи с событиями в Чечне. Но, как известно, Москва фактически проводит целенаправленную вооруженную, политическую, экономическую акцию по укреплению территориальной целостности Российской Федерации, уничтожению вооруженных банд боевиков-экстремистов, искоренению международного терроризма. Несомненно, война не должна и не может быть средством решения спорных вопросов, внутренних конфликтов. Однако нельзя не видеть и не оценить по достоинству ту высокую ответственность, которую приняли на себя президент, правительство, армия, правоохранительные органы, народ России перед цивилизацией, мировой общественностью за сохранение статус-кво, стабильности на планете, ликвидацию международного терроризма, бандитских формирований, крупного центра экстремизма, транснациональной организованной преступности, наркобизнеса. Именно "синдром Чечни" ярко проявился в баткенских событиях в Кыргызстане летом в 1999, 2000 годах. Он коснулся и Дагестана, может проявиться в других регионах, где заинтересованные в дестабилизации обстановки экстремисты попытаются захватить власть.
