Во время гражданской войны в Таджикистане (1992-1996годы) противоборствовавшие вооруженные формирования использовали опий для приобретения оружия, провианта, боеприпасов. По сведениям Министерства обороны России в Гоном Бадахшане было создано шесть перевалочных пунктов, принадлежащих автономно действующим группировкам, имевшим свои каналы переброски наркотических средств через границу и транспортировки их на рынки сбыта. По мнению председателя Комитета по охране госграницы при правительстве Таджикистана С.Камолова, "Практически все слои населения вовлечены в наркобизнес и в наркомафию. Наркомания пронизала все структуры власти... Самое страшное, что в этот процесс втянуто огромное количество людей и средств общества". Президент Таджикистана Эмомали Рахмонов справедливо отметил, что проблему борьбы с наркомафией и распространением наркомании не удастся решить в отрыве от проблемы умиротворения в Афганистане. По его мнению, силами мирового сообщества вокруг воюющего Афганистана необходимо создать "пояс безопасности", в организации которого должны участвовать Россия, США, а также все соседние с ним страны.
Начиная с 1995 года, высокогорная трасса Хорог - Ош потеряла значение единственного в регионе маршрута поставки произведенных в Афганистане, Пакистане наркотических веществ. Они стали поступать в Ошскую область по всей практически открытой таджикско-кыргызской границе протяженностью свыше 800 километров. При этом, обходя пограничные, милицейские, таможенные посты и заслоны, наркокурьеры умело использовали для транспортировки наркотических веществ конно-пешим способом горные тропы, о чем свидетельствуют их многочисленные задержания при проведении специальных операций силами отряда специального назначения УВД Ошской области "Эрдик" ("Отвага").
Своего рода первооткрывателями горных троп и маршрутов перемещения людей и грузов из Таджикистана в Кыргызстан еще в 1992 году с началом гражданской войны в Таджикистане стали беженцы. Ими было проложено более 30 переходов по всей протяженности таджикско-кыргызской границы с выходом в Ферганскую долину. Впоследствии большинство этих скрытых переходов использовались для перевозки наркотических веществ, оружия, боеприпасов, провианта для незаконных вооруженных формирований.
В 1998-99 годах четко обозначились четыре основных направления поступления наркотических веществ в Ошскую область Кыргызской Республики с территории Республики Таджикистан:
