Начальником Генштаба по преемственности был назначен А. И. Егоров, его первым заместителем - В. Н. Левичев, заместителями - С. А. Меженинов и А. И. Седякин.
Организационно Генеральный штаб в то время состоял из следующих отделов: оперативного (начальник С. А. Меженинов); боевой подготовки (начальник А. И. Седякин); военных сообщений (начальник Э. Ф. Аппога); организационного (начальник М. И. Алафузо); материального планирования (начальник Н. Н. Мовчин); автотранспортной службы (начальник А. А. Славин); военно-топографического (начальник И. Ф. Максимов); научного военно-исторического (начальник Ф. А. Акулов, с декабря 1935 года - К. И. Соколов-Страхов).
В 1936 году отдел боевой подготовки был выделен из Генерального штаба и развернут в Управление боевой подготовки, а в Генеральном штабе создан отдел кадров по службе Генерального штаба.
В мае 1937 года Б. М. Шапошников был вновь назначен начальником Генерального штаба. Заместителем стал К. А. Мерецков, которого в ноябре 1938 года сменил И. В. Смородинов. Помощником Б. М. Шапошникова по организационно-мобилизационным и материально-техническим вопросам с мая 1938 года был автор этих строк. Работать под руководством Шапошникова, виднейшего военачальника и крупнейшего военного теоретика, которого я считаю своим первым учителем и наставником в решении вопросов государственного масштаба, что очень пригодилось в моей последующей работе, было большим счастьем. Постоянную помощь мне оказывали Ы. И. Четвериков, П. А. Ермолин, П. В. Уткин, П. Н. Голубев и другие. Это были прекраснейшие генштабисты, хорошо знавшие свое дело.
В 1938-1939 годах в Генеральном штабе создаются новые отделы: мобилизационный, оборонительного строительства, разведывательный, планирования боевой техники и вооружения и другие, а также группа контроля за исполнением решении Военного совета РККА. В его крупные отделы и управления назначаются военные комиссары. В тот период военными комиссарами Генштаба последовательно были А. И. Запорожец, И. В. Рогов, Н. И. Гусев и С. К. Кожевников. Они вели большую работу по мобилизации личного состава на выполнение решений ЦК партии, правительства и руководства НКО.
Объем задач, решаемых Генеральным штабом, с каждым годом увеличивался, сфера деятельности его отделов значительно расширилась. Это требовало повысить правовое положение и авторитет Генерального штаба в целом и, в частности, поднять служебные категории его работников. С этой целью в октябре - ноябре 1939 года основные отделы Генерального штаба были реорганизованы в управления. Однако его функции были, по сути, сужены в связи с изъятием и передачей ряда управлений в воссозданное ГУ РККА. Но это продолжалось недолго.
