Недостатки организационного порядка, мириться с которыми дальше было уже невозможно, ясно себе представлял и Штаб РККА. М. Н. Тухачевский с присущим ему тактом и спокойной деловитостью разработал и 26 апреля 1928 года представил в РВС доклад, в котором выдвигал предложения о совершенствовании организационной структуры центрального аппарата Наркомата по военным и морским делам.
В докладе указывалось, что за последние годы в процессе реорганизации были сделаны значительные отступления от тех руководящих положений, которые в 1924-1925 годы легли в основу структуры центрального аппарата Наркомата по военным и морским делам. Произошло чрезмерное переплетение функций Штаба РККА и Главного управления РККА. После создания Управления делами РВС и расширения его функций, писал Тухачевский, стало все более принижаться значение Главного управления РККА как органа административного устройства армии мирного времени и Штаба РККА.
Наличие управлений и отделов с тождественными функциями, отмечал он, весьма усложняет работу, увеличивает количество согласований; этим одновременно затушевывается ответственность органов за возложенные на них обязанности. Много параллелизма в работе, связанной с вопросами мобилизации, организации штатов, боевой подготовки войск, планирования общих вопросов бюджета и материального обеспечения подготовки к войне.
Инспекторат, подчеркивал Тухачевский, оказался оторванным от штаба, он не готовится к работе в военное время. Из-за отсутствия необходимых штатных звеньев (отделов, отделений) штабу приходится разрабатывать организацию связи, инженерную подготовку на театре военных действий силами сотрудников Оперативного управления. Допускается обезличка и неправомерная уравниловка. Важнейшие отделы, занимающиеся стратегическим и мобилизационным планированием, в правовом отношении оказались, по сути дела, на равном положении с финансовым, учетным и другими отделами. По сравнению со Штабом РККА многие управления и отделы наркомата имели завышенную группу высшего комсостава. Так, если на должностях в Штабе РККА по штату полагалось уметь 30 комдивов, 11 комкоров и выше, то есть всего 9 процентов к общему числу сотрудников, то в Инспекторате их было 67 процентов, в технических комитетах - 64 процента, в Политуправлении - 55 процентов и т. д. При таком положении Штаб РККА не мог производить обмен начсостава со строевыми частями, что в известной мере приводило к отрыву сотрудников штаба от жизни армии, а также препятствовало выдвижению наиболее способных командиров из войск.
