Но эти мероприятия были полумерой. Высший военный совет лишь номинально являлся единым органом военного управления и верховного командования. Параллельно с ним оперативное руководство войсками осуществляли Оперативный отдел Наркомвоена (Оперод), возглавляемый С. И. Араловым. Кроме того, у руководства Наркомвоена и Высшего военного совета не было единых взглядов на пути дальнейшего строительства вооруженных сил.
Обеспокоенные создавшимся положением, ЦК партии и Советское правительство были вынуждены принять срочные меры по реорганизации центрального аппарата военного управления. 8 мая 1918 года вместо Всероссийской коллегии по организации и формированию Красной Армии и ряда центральных управлений военного ведомства старой армии создается Всероссийский главный штаб (Всероглавштаб), подчиненный Высшему военному совету, а после ликвидации последнего - Революционному военному совету (Реввоенсовету) Республики.
Всероссийский главный штаб являлся высшим исполнительным военным органом. В его составе были управления: командного состава, мобилизационное, организационное, оперативное, военных сообщений, Главное управление военно-учебных заведений и другие. Штаб ведал вопросами мобилизации, формирования, устройства и обучения войск, разработкой штатов, уставов, инструкций и положений для войск. Работой его руководил совет, состоявший из начальника штаба Н. Н. Стогова и двух военных комиссаров - Н. И. Бессонова и А. И. Егорова. После бегства Стогова к белым начальником Всероссийского главного штаба стал А. А. Свечин, которого вскоре сменил Н. И. Раттэль.
Таким образом, организационные вопросы советского военного строительства были сосредоточены в одном органе. В оперативном руководстве армии по-прежнему не было единства: наличие штаба при Высшем военном совете и Оперативного отдела Наркомвоена приводило зачастую к параллелизму в управлении войсками, несогласованности в отданных распоряжениях и т. и. Это вызывало не только нарекания работников Наркомвоена, командиров и комиссаров действующих войск, но и поток писем с предложениями в ЦК партии и Совнарком.
Учитывая эти обстоятельства, а также резкое осложнение внутренней политической обстановки, рост численности создаваемой регулярной Красной Армии, Советское правительство во второй половине 1918 года провело реорганизацию органов военного управления, ликвидировало непригодные инстанции и образовало новые, а также разработало положения и инструкции, более четко определявшие их компетенцию.
